β-甘露聚糖酶是水解1，4-β-D-吡喃甘露糖為主鏈的內切水解酶，作用底物主要是半乳甘露聚糖、葡萄甘露聚糖、半乳葡萄甘露聚糖以及甘露聚糖。不同來源的β-甘露聚糖酶對不同來源的底物作用深度及其水解產物是不相同的。β-甘露聚糖酶水解底物的方式和深度主要與α-半乳糖殘基和葡萄糖殘基在主鏈中的位置、含量、酯酰化的程度有關。底物本身的物理狀態也會影響酶對底物的作用，如結晶狀態的甘露聚糖不易被降解。
甘露聚糖經β-甘露聚糖酶作用后，通過HPLC或紙層析方法分析，主要產物是寡聚糖（一般2～10個殘基），產物聚合度的大小與酶和底物的來源有關（McCleary，1988；田新玉等，1993；楊文博等，1995；Arison- Atac等，1993），但相對來說產生單糖（甘露糖）很少或根本不產生。寡聚糖是一種新型的功能性低聚糖；能明顯地促進人體和動物腸道內有益菌——雙歧桿菌的增殖，改善腸道內菌群結構是一種很好的雙歧因子。