β-甘露聚糖酶能夠水解甘露聚糖，葡甘露聚糖，半乳糖甘露聚糖和半乳糖葡甘露聚糖生成甘露低聚糖。
甘 露低聚糖作為雙歧桿菌的增殖因子，可有效地使體內有益菌自然增殖、改善腸道菌群結構、調節腸道消化系統功能，因此甘露低聚糖具有保肝、抗腫瘤、增強免疫力、加強腸道蠕動、降低膽固醇、抗衰老等生理活性，適用于各種 腸道疾病，同時也適合于健康人特別是老年人和兒童的日常保健，再加上甘露低聚糖具有優良的甜味品質，可替代蔗糖，用于飲料、糖果、餅干、果脯和乳制品等食品中，是一種良好的食品添加劑，國外已廣泛應用于保健品中。因此在食品中添加一定量的β-甘露聚糖酶，可降低營養物質在腸道內的蓄積，改善營養物質的消化吸收。
魔芋膠為葡萄甘露聚糖，經β-甘 露聚糖酶作用后形成一系列的低聚糖。試驗證明，魔芋膠的酶解物能有效地改善腸道內菌群結構，且其性能及效果優于大豆低聚糖及半乳糖基轉移低聚糖。同時魔芋低聚糖對防治高血脂癥、預防動脈硬化和冠心病的發生有一定作用。近年來發現，低聚糖對動物健康和生產機能的促進作用就某些方面來說，并不亞于抗生素，且為 綠色食品，因而低聚糖不論作為功能性食品或是作為動物飼料添加劑均具有廣闊的市場前景。我國是魔芋生產國，魔芋資源豐富，開發我國甘露低聚糖將有較大的社會效益和經濟效益。
另外β-甘露聚糖酶還可以用來處理釀酒酵母，通過酶解酵母細胞壁，生產寡聚糖和酵母核酸蛋白等，為優良的食品和飼料添加劑。