實驗方法原理 對有希望的基因組或 cDNA 克隆的分析,通常開始于用限制酶消化 λ 噬菌體 DNA 的小量制備物,并對消化產物進行瓊脂糖凝膠電泳分析。所獲得的 DNA 可用作限制酶的底物、RNA 合成(由噬菌體 SP6、T3 和 T7 編碼的依賴于 DNA 的 RNA 聚合酶來完成)的模板以及 PCR 的模板。
實驗材料 λ 噬菌體重組子大腸桿菌鋪平板細菌
試劑、試劑盒 氯仿乙醇高鹽緩沖液Tris-ClNaClEDTA異丙醇低鹽緩沖液酚:氯仿SMTETM
儀器、耗材 LB 或 NZCYM 瓊脂糖平板LB 或 NZCYM 頂層瓊脂糖Sorvall SS-34 轉子或相當型號硼硅酸鹽巴斯德吸管Elutip-d 柱水浴或加熱設備Whatman DE52
實驗步驟
一、材料
1. 緩沖液和溶液
氯仿
乙醇
高鹽緩沖液(20 mmol/L Tris-Cl (pH 7.4),1.0 mol/L NaCl,1 mmol/L EDTA (pH 8.0))
異丙醇
低鹽緩沖液(20 mmol/L Tris-Cl ( pH 7.4),0.2 moI/L NaCl,1 mmoI/L EDTA (pH 8.0))
酚:氯仿(1:1,V/V)
SM
TE ( pH 8.0)
TM
2. 培養基
LB 或 NZCYM 瓊脂糖平板
LB 或 NZCYM 頂層瓊脂糖
3. 離心機和轉子
Sorvall SS-34 轉子或相當型號
4. 專用設備
硼硅酸鹽巴斯德吸管
Elutip-d 柱(Schleicher&Schuell)
預置于 47℃ 的水浴或加熱設備
Whatman DE52
5. 載體和菌株
λ 噬菌體重組子,生長予菌苔上且完全獨立的單個噬菌斑
大腸桿菌鋪平板細菌
二、方法
裂解物的制備
1. 用硼硅酸鹽吸管從平板上挑取 8~10 個完全獨立的噬菌斑,而這些噬菌斑都來源于一個遺傳上純的、經噬菌斑純化得到的噬菌體原種。將噬菌斑溶于 1 ml SM 和 50 μl 氯仿中,4℃ 放置 4~6 h,使噬菌體顆粒從頂層瓊脂糖中溶解出來。
2. 將 50~100 μl 噬菌體懸浮液(約 105 pfu ) 與 150 μl 鋪平板細菌在一無菌小培養管混勻,37℃ 溫育 20 min,加入 7.0 ml 已熔(47℃)頂層瓊脂糖(0.7%),倒入新鮮灌制的 150 mm NZCYM 瓊脂糖平板上進行涂布培養。
3. 平板 37℃ 倒置培養,直至噬菌斑幾乎覆蓋了整個平板表面(7~9 h)。
4. 直接加 7 ml TM 至頂層瓊脂糖的表面,于 4℃ 溫和地持續晃動溫育 4 h,將噬菌體顆粒洗脫下來。
5. 將 λ 噬菌體洗脫液轉移至一離心管中,經 4℃、4000 g ( 5800 r/min 于 Sorvall SS-34 轉子中)離心 10 min 去掉細胞碎片。在這一步可留出小量清亮的裂解物組分作為噬菌體原種溶液,加入小量氯仿后于 4℃ 保存。
6. 取 10 ml 2:1 的 DE52 樹脂懸液,轉入離心管中。室溫 500 g ( 2000 r/min 于 Sorvall SS-34 轉子中)離心 5 min 沉淀樹脂,去上清后將離心管置于冰浴中。
7. 用清亮的 TM 重新懸浮 DE52,通過在室溫晃動離心管 3 min 使噬菌體顆粒吸附到樹脂上。
8. 將 TM/DE52 懸液于 4000 g(5800 r/min 于Sorvall SS-34 轉子中)離心 5 min,小心地將上清轉移至另一新離心管中,重復離心步驟。每次離心后都去掉沉淀物。
9. 將第二次離心的上清轉移至另一新離心管中,用酚:氯仿抽提上清一次,上清中含有 λ 噬菌體顆粒。
10. 將含 λ 噬菌體 DNA 的親水相轉移至一新的聚丙烯離心管中,加入等體積的異丙醇。將混合物于 -70℃ 保存 10 min。
11. 4℃、16500 g(12000 r/min 于 Sorvall SS-34 轉子中)離心 20 min 收集沉淀的噬菌體 DNA。
12. 倒掉異丙醇,并讓殘余的也流干。將 DNA 沉淀物風干。
13. 用 2 ml 低鹽緩沖液重溶 DNA 沉淀。
14. 用 Ehitip-d 柱進行層析以純化噬菌體 DNA:
(1) 用注射器將 1~2 ml 高鹽緩沖液推入 Elutip-d 柱。
(2) 將 5 ml 低鹽緩沖液推入柱內。
(3) 將一 0.45 μm 的前濾膜(prefilter)粘貼在柱上,然后慢慢地將 DNA 樣品(步驟 13 ) 推入柱內。
(4) 用 2~3 ml 低鹽緩沖液清洗柱。
(5) 去掉前濾膜,用 0.4 ml 高鹽緩沖液洗脫 DNA。在這一步,將洗脫液收集在一 1.5 ml 的微量離心管內。
15. 在 DNA 洗脫液中加入 1 ml 乙醇,將離心管上下顛倒數次,冰浴 20 min。在微量離心機中離心以去上清而收集 DNA 沉淀。用 0.5 ml 70% 乙醇沖洗 DNA 沉淀,去上清,然后使 DNA 風干。將 DNA 沉淀溶解于 50 μl TE ( pH 8.0)。