機械分離法 ：常用于分離藻類原生質體，采用滲透方法使細胞發生質壁分離，用刀把細胞壁切破，使原生質體流出。（手工操作難度大，得率低，費時費力）
酶解分離法：用酶（瓊脂酶，果膠酶，纖維素酶等）將細胞壁分解。（條件溫和，原生質體完整性好，活力高，得率高） 因此原生質體制備多采用酶解法，此法操作過程分為：取材消毒，酶解制備， 原生質體收集。
