Ⅱ級生物安全柜按排放氣流占系統總流量的比例及內部設計結構，將其劃分為A1、A2、B1、B2四個類型。
A1型安全柜前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.4m/s。安全柜內70%氣體通過高效空氣過濾器過濾后再循環至工作區，30%氣體通過排氣口的高效空氣過濾器排出。安全柜內的污染氣流經過高效空氣過濾器過濾后可以排到實驗室或經安全柜的外排接口通過排風管道排到大氣中。
A2型安全柜前窗氣流速度最小量或測量平均值應至少為0.5m/s。70%氣體通過HEPA過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排除。安全柜內的污染氣流經過高效空氣過濾器過濾后可以排到實驗室或經安全柜的外排接口通過排風管道排到大氣中。安全柜的負壓環繞污染區域的設計，阻止了柜內物質的泄漏。
B1型生物安全柜前窗操作口流入氣流的*低流速為0.50m/s，柜內氣體中30%氣體通過高效空氣過濾器過濾后再循環使用，70%氣體通過排氣口HEPA過濾器過濾后通過專用風道排入大氣中。所有被生物污染的部位均應保持負壓，或被負壓的通道和負壓通風系統包圍。
B2型生物安全柜前窗操作口流入氣流的*低流速為0.5m/s，柜內下降氣流全部是由柜外供給，即安全柜排出的氣體不再循環使用。柜內的氣流經過濾后排入大氣，不允許再進入安全柜循環或返流回實驗室，可同時提供生物性和化學性的安全控制。所有污染部位均應處于負壓狀態或者被負壓區包圍。