一次RNA甲基化測序的多項成果-云序RNA甲基化測序技術大公開
文章導讀
RNA修飾是表觀遺傳學中調控轉錄后基因表達的關鍵過程，目前對m6A
RNA修飾的研究已進行的如火如荼，而除了m6A以外仍有多種RNA修飾類型參與調控轉錄后的基因表達，其中包括m1A、m5C、m7G、2’-O-甲基化修飾以及ac4C乙酰化修飾，在這些領域的研究中也不斷有高分文章的出現。云序生物是國內RNA修飾測序的領跑者，可針對mRNA和各種非編碼RNA提供各類RNA修飾測序服務
(m6A﹑m1A﹑m5C﹑m7G﹑ac4C﹑2’-O-甲基化等)。目前，云序已累計支持客戶發表32篇高水平文章，合計影響因子204分，是國內支持發文最多、累計影響因子最高的公司。
近日，云序客戶分別在肝癌和胃癌中進行了m6A和m5C
RNA甲基化的全轉錄組測序（circRNA、lncRNA和mRNA），其中在肝癌中進行的m5C測序數據發表了三篇表達譜的文章，實現了一次測序，三套數據，三項成果的“大滿貫”；隨之在胃癌中進行的m6A測序數據也發表兩篇表達譜文章。真正體現了一次測序三套數據（circRNA、lncRNA和mRNA），多項成果，超高性價比，短平快發表高分文章。這里我們收集整理了這5篇云序生物提供服務的甲基化測序研究的文章，帶領大家掌握常規性表達譜分析思路，給各位老師一個充分利用測序數據的思路。
項目文章
（一）云序客戶m5C RNA甲基化修飾表達譜，一次測序三篇文章
疾病：肝癌
樣品：肝癌組織vs癌旁組織（6 vs 6）
研究方法：m5C-MeRIP-Seq，RNA-seq
1. 人肝癌和對應臨近非腫瘤組織中mRNA的差異m5C表達譜概述
發表雜志：Journal of Translational Medicine
影響因子：4.124
發表日期：2020.06.22
文章鏈接：Overview
of distinct 5-methylcytosine profiles of messenger RNA in human
hepatocellular carcinoma and paired adjacent non-tumor tissues
轉錄后甲基化修飾，如5-甲基胞嘧啶(m5C)修飾，與癌癥的腫瘤發生密切相關。然而，肝細胞癌(HCC)中m5C修飾的mRNA表達譜尚不清楚。本文通過由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq鑒定人HCC組織及鄰近組織mRNA上的m5C峰，通過由云序生物提供的RNA-seq聯合分析并預測特定甲基化轉錄本的功能。結果發現m5C在HCC和配對的非腫瘤組織中存在顯著差異，暗示了m5C可能在HCC的發病機制中發揮作用。此外，GO和KEGG分析表明mRNA m5C在HCC中獨特的分布模式與廣泛的細胞功能相關。
2. 人類肝細胞癌中環狀RNA的獨特5-甲基胞嘧啶譜
發表雜志：Am J Transl Res
影響因子：3.5
發表日期：2020.12.09
文章鏈接：Distinct 5-methylcytosine profiles of circular RNA in human hepatocellular carcinoma
最近的研究表明，幾種環狀RNA (circRNAs)可以影響肝細胞癌(HCC)的發生和發展。轉錄后甲基化修飾，包括5-甲基胞嘧啶(m5C)修飾，與腫瘤的發生密切相關。然而，HCC中circRNA的m5C修飾圖譜仍有待研究。在本研究中，作者通過云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq來識別人類HCC組織和配對的非腫瘤組織的circRNA上的m5C位點。進一步分析了m5C與HCC的關系。此外，根據生物信息學分析預測了特定甲基化轉錄本的功能。作者發現在HCC組織和配對的非腫瘤組織中m5C存在顯著差異，提示circRNA的m5C在HCC的發展中可能發揮關鍵作用。此外，基因本體論(GO)分析結果表明，circRNA
m5C在HCC中獨特的分布模式與特定的代謝相關通路相關。總之，該項研究結果表明，HCC與circRNA的m5C之間可能存在關聯，該結果也為circRNA的m5C
RNA甲基化在HCC進展中的新功能提供了新的見解。
3. 肝細胞癌中lncRNA的m5C轉錄表達譜分析
發表雜志：Cancer Management and Research
影響因子：2.886
發表日期：2020.05.14
文章鏈接：Transcriptome-Wide 5-Methylcytosine Functional Profiling of Long Non-Coding RNA in Hepatocellular Carcinoma
越來越多的證據表明，甲基化狀態與多種癌癥的發病機制有關。其中，肝細胞癌(HCC)是威脅全球人類健康的致命疾病。雖然5-甲基胞嘧啶(m5C)已被確定為一種重要的調控修飾，但其在實體腫瘤(包括HCC)中的分布仍不清楚。本研究旨在探討m5C在HCC中的分布與相關功能。通過由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq，我們觀察到在HCC lncRNA中，m5C甲基化需要一個序列基序。無監督的分級聚類分析證實，lncRNA m5C的甲基化在HCC中比鄰近的非腫瘤組織更常見。通過由云序生物提供的RNA-seq數據顯示，在HCC中，更多基因通過甲基化表達上調，而在鄰近的非腫瘤組織中，甲基化表達下調更多基因。GO和KEGG通路分析顯示，lncRNA中與m5C位點顯著相關的基因參與了HCC信號通路。結果表明，與鄰近的非腫瘤組織相比，HCC中m5C的數量和分布有很大差異。本文進一步預測了m5C可能參與的HCC細胞功能，為m5C
lncRNA在HCC腫瘤發生進展中的表觀遺傳調控提供了證據。
