什么是FFPE
福爾馬林固定石蠟包埋技術（Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded, FFPE）是一種組織保存技術。這種技術為了維持細胞核蛋白結構，先用福爾馬林固定然后將組織用固體石蠟包埋，以供切片后作組織學診斷或研究使用。
FFPE技術的應用
福爾馬林由于可以與蛋白氨基發生不可逆交聯，所以對保持組織細胞結構的完整性、抗原可測定性、組織滲透性方面均優于其他固定液。因此，FFPE技術長期以來在臨床檢驗、醫學科學研究中得到廣泛應用，尤其是細胞形態學研究和腫瘤病理學研究。隨著這幾年分子診斷領域的不斷發展，FFPE技術也越來越多的被應用在對腫瘤疾病進行分子診斷。
為什么要脫蠟
如果要對FFPE組織進行分子生物學研究，最首先的就是要進行DNA的提取。 但是固定劑的交聯作用對核酸是有害的，福爾馬林石蠟和交聯作用會妨礙核酸的提取，抑制DNA聚合酶的活性從而影響PCR擴增。除此之外，石蠟阻礙消化液對組織的滲透，從而抑制蛋白酶K和組織內蛋白的接觸，影響組織消化和DNA釋放。所以為了消除石蠟對DNA提取和PCR擴增的不良影響，必須在保證不增加外源性PCR抑制因子，并盡量減少DNA額外損傷的前提下對組織進行徹底脫蠟。
常用的二甲苯法脫蠟法的過程和問題
目前應用在成熟試劑盒中的脫蠟方法主要是有機溶劑脫蠟法，其中二甲苯脫蠟法由于其脫蠟徹底的特性，被最廣泛的應用在腫瘤研究中。
在二甲苯脫蠟法中，需要將石蠟包埋組織浸泡在二甲苯溶液中進行脫蠟，后面經過兩次高溫處理，每次各一個小時，分別在56℃和90℃。在此期間結合消化緩沖液和蛋白酶K來消化組織，同時利用梯度乙醇來疏松組織結構、促進消化液滲入并去除組織中痕量的二甲苯和甲醛。
圖1 二甲苯脫蠟法基本步驟
雖然二甲苯脫蠟法是目前最主流的脫蠟方法，并且被應用在絕大多數商業試劑盒中，但是它還是有一定的問題：首先，二甲苯是一種有毒的有機試劑，在實驗過程中如果身體接觸到會有一定程度的危害，所以此實驗是有一定風險的；其次，此脫蠟法的實驗過程很繁瑣，脫蠟的步驟耗時至少是耗時3小時以上，加上提取的步驟整個實驗4小時左右，而且涉及到的試劑種類較多，容易出錯。所以各個公司都在積極研發更高效、安全、簡易的解決方案來取代二甲苯脫蠟。
一步脫蠟法的改進和優勢
為了簡化石蠟包埋組織的脫蠟過程，一種新的一步脫蠟法被研發出來。具體步驟如下圖所示，將新型的一步法石蠟裂解液（無毒性）與組織裂解液加入到離心管中并與切片好的石蠟組織樣本混合，在60℃和90℃各孵育1小時后管內的液體會分成油層和水層兩層從而完成脫蠟，脫蠟后核酸會存在與水層中。
圖2 一步脫蠟法基本步驟
相較于傳統的二甲苯脫蠟法，這種新的一步法脫蠟法的優勢主要體現在下面幾個方面：
表1 傳統二甲苯脫蠟法與一步脫蠟法的區別
項目 | 傳統二甲苯脫蠟法 | 一步法脫蠟法 |
石蠟溶解液類型 | 有毒物質二甲苯 | 使用無毒溶解液 |
分離方式 | 需要離心機離心去除上清液 | 油水分層，無需額外操作 |
脫蠟裂解連接方式 | 脫蠟---風干---加入裂解液裂解組織 | 脫蠟和裂解同步加熱進行，節省步驟 |
自動化兼容性 | 無法兼容自動化 | 由于其一步法的特性，無需額外手動操作，非常適合整合到自動化儀器 |
耗費時間 | 3小時 | 2小時 |
大型樣本：切片后面積介于2.5-4 mm2、厚度介于5-20 um、體積介于0.0125-0.08 mm3之間的樣本。
中型樣本：切片后面積介于1.5-2.5 mm2、厚度介于5-20 um、體積介于0.0075-0.05 mm3之間的樣本。
小型樣本：切片后面積介于0.2-1.5 mm2、厚度介于5-20 um、體積介于0.001-0.03 mm3之間的樣本。
圖3 傳統脫蠟法與一步脫蠟法在提取得率上的區別
結果表明，在大量樣本時，兩種方法提取得率相當；中量和小量樣本時，一步脫蠟法的得率均大于傳統脫蠟法。所以一步脫蠟法不僅簡化了操作、降低了風險，而且提高了提取效率。
一步脫蠟法如何整合自動化解決方案
在上述的優勢中，一步脫蠟法相對于傳統二甲苯脫蠟法決定性的優勢就是對于自動化的兼容性，一步法的特性使其可以非常簡單的整合到磁珠法自動化核酸提取儀上，再一次減少需要人工參與的步驟。只需要將切片好的樣本放入預裝好的試劑槽中、準備好需要的耗材，開機運行后等待即可，解放了實驗人員時間，大大提高了實驗效率。