液相系統作為質譜的進樣系統，考慮到與質譜的匹配性，一般都使用較短的色譜柱和較低的流速，以便進入離子源的樣品能進行更好的電離。
液相色譜與質譜相聯時，對流動相也有特殊要求：嚴禁使用不揮發性的磷酸鹽、硼酸鹽等；禁止使用會抑制離子化過程的表面活性劑、清潔劑和離子對試劑等；鹽酸、硫酸等無機酸也不能使用，
另外，在處理獸藥殘留等基質復雜生物樣品時，液相色譜柱或質譜毛細管很容易堵塞，因此，要經常檢查液相部分的在線過濾器、單向閥和保護預柱，及時取下用超聲清洗或更換。
