腎輸尿管全切除術仍然是治療上尿路上皮腫瘤的金標準，大多數患者適宜施行此種手術。由于腎及部分輸尿管切除后，輸尿管殘端腫瘤復發率達30%~35%。因此，應用時將全輸尿管及管口周圍的膀胱黏膜一并切除。無論經一個或兩個切口施行手術，除低“級”腫瘤外，術中不宜切斷輸尿管，以免癌細胞散落，污染術野。一般經腰部或上腹部切口切除腎臟游離輸尿管，暫不切斷。另作下腹部切口游離并結扎輸尿管，然后切開膀胱，分離、切除末段輸尿管及管口周圍的膀胱黏膜。
經一個切口作腎輸尿管全切除的方法是先用電切鏡經尿道切除輸尿管膀胱壁內部以及周圍的膀胱黏膜，留置導尿管。然后作腰部或腹部切口，于腫瘤遠側結扎輸尿管后，切除腎臟，向遠側游離輸尿管，然后將末段拔出。
尿路上皮癌的分級較高（中度或低度分化），往往已發生淋巴結轉移。在施行標準的根治切除手術時，應同時廣泛切除同側大血管旁、髂總動脈旁和盆血管周圍的淋巴結。
潘柏年等報道107例腎輸尿管全切除患者，術后復發膀胱癌占16%，3、5、10年生存率分別為75.61%、60.19%
和45.35%。Batata報道腎輸尿管全切除術后5年生存率在Tis、Ta或T1期為91%，T2期為43%，T3期或T4期、N1或N2期為23%，N3或M1期為0。患高“級”、高“期”腫瘤而對側上尿路正常的年輕患者，最好施行開放性腎輸尿管全切除及淋巴清除。使用開放性手術切除腎盂腫瘤或作部分腎切除，復發率高達38%~60%，故不主張采用。孤立腎或雙側上尿路上皮癌，除可選擇腔內電切、姑息手術或局部化療等方法外，作根治性腎切除，術后用規律性血透析，在適當時機作腎移植手術，仍為可選方法。