對跨行政區案件實行集中管轄制度，具有排除外部干擾等諸多方面天然優勢，解決了同案不同罰的問題，有利于提高類案偵辦效率，有效地維護了司法公平。
從2016年起，上海鐵路運輸檢察院（以下簡稱上海鐵檢院）開始集中管轄直轄市級行政區劃內全部環境資源刑事案件，區別于一般基層檢察院，特別設立“環資食藥類犯罪檢察部”，進一步統一執法標準，有效指導辦案，提升專業化水平。
截至目前，上海鐵檢院刑附民公益訴訟立案7件，已提起3例刑事附帶民事公益訴訟。
■ 案例
首例污染環境類公益訴訟案宣判
7月20日，上海鐵路運輸法院提起的首例污染環境類刑事附帶民事公益案當庭宣判。
2017年5月~11月期間，上海久杏涂裝工程有限公司在經營中違反國家規定，在未進行環評的情況下，在上海市嘉定區春意路生產車間內擅自進行仿古工藝作業。這家公司法人代表王某及仿古工藝車間負責人周某放任工人韓某將生產過程中的含重金屬污水直接傾倒于車間地面上，利用地面高低落差及韓某開挖的地面明溝，使污水通過明溝及車間墻面上的孔洞直接排入車間外雨水窨井，后經雨水管道排入外環境河道內。
經上海市嘉定區環境監察支隊對這家公司現場檢查并取樣檢測，這家公司所排污水中pH值呈酸性，鎳、銅、總鉻、化學需氧量超標，其中銅含量為59.1mg/L，超過《上海市污水綜合排放標準》（DB31/199-2009）規定的限值10倍以上，嚴重污染環境。
為此，上海鐵檢院向法院提起公訴，指控被告單位及監事、負責人、操作工犯污染環境罪。同時，提起刑事附帶民事公益訴訟，請求法院判令這家公司賠償環境損害3萬余元，判令這家公司承擔環境損害鑒定費兩萬元，并判令其公開向社會公眾賠禮道歉。
7月20日，上海鐵路運輸法院判處被告單位上海久杏公司犯污染環境罪，判處罰金10萬余元；這家公司法人代表王某犯污染環境罪，判處有期徒刑7個月又15日，并處罰金5000元；車間負責人周某犯污染環境罪，判處有期徒刑7個月，并處罰金2000元；操作工韓某犯污染環境罪，判處有期徒刑6個月又15日，并處罰金2000元。此外，上海久杏公司賠償環境損害32964元，鑒定評估費用兩萬元，并就污染環境行為向社會公眾公開賠禮道歉。
■ 做法一
探索環境刑事案件集中管轄
2016年8月，上海市人民檢察院與市高級人民法院、市公安局、市司法局會簽《關于上海鐵路運輸法院、上海鐵路運輸檢察院有關刑事案件調整管轄的工作意見》，按照分步實施的原則，到2020年，上海市檢察院第三分院（全國首家跨行政區劃檢察院）的新增管轄一審刑事案件，全部調整由上海鐵檢院集中管轄。目前，破壞環境資源保護、危害食品藥品安全的刑事案件集中管轄已經實現，有效破解了執法標準不統一、同案不同判的難題。
同時，上海鐵檢院與生態保護重點區域屬地公安部門、檢察院簽訂加強配合協作的工作意見，厘清集中管轄院與屬地院的職責分工，建立偵查監督、線索移送、提前介入、綜合治理等銜接配合機制，確保案件辦好、監督跟上。
在實現市內“小跨”后，上海市積極探索省級間“大跨”。近日，上海市檢察院第三分院（鐵路運輸檢察分院）結合跨行政區劃檢察改革試點探索的實際，出臺《為服務長三角一體化發展提供檢察保障的九條意見》（以下簡稱《意見》）。
《意見》提出，將積極構建長三角區域破壞環境資源保護案件辦理一體化工作機制，將在上海鐵檢院、徐州鐵檢院實現一定區域內破壞環境資源保護刑事案件集中管轄的同時，積極推動其他基層鐵檢院集中管轄破壞環境資源保護刑事案件，促進區域間法律適用的一致性和協調性，進一步做好集中管轄這一領域刑事案件二審對接準備。
■ 做法二
“捕訴合一”實行統一辦案標準
在成立環資案件專辦組的基礎上，上海鐵檢院率先探索“捕訴監防”一體化辦案模式，順利實現特殊案件集中管轄的平穩過渡。
在跨行政區劃辦案機制改革背景下，上海鐵檢院一審刑事案件管轄范圍在原有鐵路領域范圍內刑事案件的基礎上，增加了3類案件的集中管轄，包括全市軌道交通運營區域內的案件、全市破壞生態環境和資源保護類案件和全市破壞食品藥品安全類案件。
案件數量因管轄調整而激增，刑檢部門率先推動內設機構精簡整合，將辦案隊伍分成3個專業化辦案組。其中，刑檢一部設“大交通”辦案組，刑檢二部設環境資源組、食藥品組兩個專業化辦案組。環境資源辦案組有檢察官兩名、檢察官助理3名，分別負責上海市范圍內環境資源類案件的一審刑事案件審查批捕、起訴等工作。
在“捕訴合一”模式下，同一案件批準逮捕和審查起訴由一名檢察官負責。上海鐵檢院讓傳統交通類案件和環境類案件、食藥品類案件各自獨立辦案，有利于承辦檢察官理順辦案思路，自主把握辦案節奏，運用“快捕快訴”、“認罪認罰”等速裁程序，提高辦案效率，節約司法資源。同時，推行承辦人員對案件質量終身負責制，案件責任追究得到有效落實，初步建立了權責明晰、監管有效、保障有力的檢察權運行新機制。
“捕訴合一”實行統一辦案標準。目前，環境類案件存在不同區的行政執法機構執法標準不相同，公安機關偵查認定的立案標準不統一的問題，這需要檢察機關在審查案件中嚴格把握入罪標準、統一證據標準。“與盜竊、妨害公務等傳統案件相比，環境污染類案件證據非常容易滅失，可以說偵查機關前期取證工作能否及時、精準，直接決定了案件辦理的成敗。”上海鐵檢院刑檢二部主任劉曉光解釋說。“捕訴合一”辦案模式下，上海鐵檢院結合辦案實際研究制定《污染環境罪取證指引》《非法捕撈罪取證指引》，承辦檢察官以公訴證明標準引導偵查機關取證，往往會達到及時、精準取證的目的，保證了案件成案率。