臨床表現主要根據感染部位不同和病情輕重不一而癥狀差異很大。
1.呼吸道感染
較為常見，多發生在有嚴重基礎疾病的患者如原有肺部疾患，長期臥床不起，接受大量廣譜抗菌藥物、氣管切開、氣管插管、人工輔助呼吸等。我國ICU患者呼吸道標本分離菌中，鮑曼不動桿菌排名第三（11%），表現有發熱，多為輕度或中度不規則發熱，咳嗽胸痛氣急，嚴重者可有發紺等表現。肺部可有中細濕啰音。胸部X線檢查常表現為支氣管肺炎，亦可為大葉性或片狀浸潤陰影，偶有膿腫或滲出性胸膜炎。可并發敗血癥及腦膜炎。痰培養和氣管抽吸物培養有大量細菌生長。
2.敗血癥
不動桿菌敗血癥主要發生于醫院內感染。在敗血癥2576株病原菌中，醫院內感染的不動桿菌在革蘭陰性桿菌中僅次于大腸桿菌、假單胞菌屬，與肺炎桿菌分離率幾乎相等，約占8%。而在醫院外感染九種革蘭陰性桿菌敗血癥中，不動桿菌的發生率最少。不動桿菌敗血癥多發生在使用留置的動、靜脈導管、導尿管或外科手術的患者，或患有嚴重基礎疾病、長期應用腎上腺皮質激素或細胞毒藥物等，常與呼吸道感染合并發生。患者有發熱毒血癥癥狀、皮膚瘀點、肝脾腫大等，嚴重者可發生休克。本病的病死率頗高，其中重要的原因是與該菌耐藥和多種細菌合并感染有關。
3.傷口皮膚感染
創口感染占該菌感染總數的17.5%，發病率依次為外傷性感染、手術后感染、燒傷后創面感染。創口感染也可由本菌和其他細菌（如腸桿菌屬、銅綠假單胞菌、腸球菌屬、葡萄球菌屬或化膿性鏈球菌）構成混合感染。靜脈導管污染本菌可引起嚴重的皮膚蜂窩織炎。嚴重的創口感染常合并敗血癥。
4.泌尿生殖道感染
該菌在泌尿生殖系統的檢出率較高，僅次于呼吸系統。國內有學者報道，該菌屬引起的尿道感染占28.6%。原發病有前列腺肥大、尿道結石、尿道狹窄，誘因多為留置導尿管、膀胱造瘺等。臨床表現為尿道炎、腎盂腎炎、陰道炎等，大多以該菌屬單獨感染為主，部分可混合其他細菌感染，尚有部分為無癥狀帶菌者。
5.腦膜炎
大多發生于顱腦手術后，也可為原發性感染，尤其在小兒中。誘發因素有顱腦外科手術、顱咽管瘤穿刺抽吸、腰椎穿刺等。臨床表現有發熱、頭痛、嘔吐、頸強直、凱爾尼格征陽性等化膿性腦膜炎改變。嬰幼兒則有凝視、尖叫、驚厥、眼球震顫、前囟飽滿緊張、骨縫增寬和四肢肌張力增高。皮膚亦可出現瘀點。
6.其他
本菌尚可引起其他部位的感染，且形成化膿性炎癥，如化膿性關節炎、骨髓炎、腹膜炎、腹腔膿腫、眼部感染和口腔膿腫等。