本菌屬細菌耐藥性強，對氨芐西林、頭孢菌素、氯霉素和喹諾酮類藥物大多耐藥，鮑曼不動桿菌、醋酸鈣不動桿菌和溶血不動桿菌常見多重耐藥。對碳青霉烯類抗生素敏感，但耐藥性呈上升趨勢。耐藥率較低的尚有亞胺培南-西司他丁、頭孢他啶、頭孢哌酮-舒巴坦、氨芐西林-舒巴坦、哌拉西林-他唑巴坦及阿米卡星等。在經驗用藥階段，首選頭孢哌酮-舒巴坦亞胺培南-西司他丁，還可選用氨芐西林-舒巴坦、替卡西林-克拉維酸、阿米卡星、新一代氟喹諾酮類。對病情較重者，主張β-內酰胺類與氨基糖苷類(或氟喹諾酮類或利福平)聯合應用。然后，則根據藥敏結果調整選用方案。不同菌株對同種抗生素耐藥性不同，因此對分離菌株均應進行藥敏試驗。耐碳青霉烯類抗生素的鮑曼不動桿菌成為各醫院重點監測對象。特別是泛耐藥鮑曼不動桿菌的從1998年在臺灣首次報道以來，世界各地已有不少報道；我國上海，浙江等地均有報道。