質譜儀種類非常多，工作原理和應用范圍也有很大的不同，從應用角度，質譜儀可以分為下面幾類：
1.有機質譜儀
由于應用特點不同又分為：
①氣相色譜-質譜聯用儀(GC-MS)
在這類儀器中，由于質譜儀工作原理不同，又有氣相色譜-四極質譜儀，氣相色譜-飛行時間質譜儀，氣相色譜-離子阱質譜儀等。
②液相色譜-質譜聯用儀(LC-MS)
同樣，有液相色譜-四器極質譜儀，液相色譜-離子阱質譜儀，液相色譜-飛行時間質譜儀以及各種各樣的液相色譜-質譜-質譜聯用儀。
③其他有機質譜儀
主要有：基質輔助激光解吸飛行時間質譜(MALDI-TOFMS)，傅立葉變換質譜儀(FT-MS)
2.無機質譜儀
包括：火花源雙聚焦質譜儀。
感應耦合等離子體質譜儀(ICP-MS)。
二次離子質譜儀(SI-MS)
除上述分類外，還可以從質譜儀所用的質量分析器的不同，把質譜儀分為雙聚焦質譜儀、四極桿質譜儀、飛行時間質譜儀、離子阱質譜儀、傅立葉變換質譜儀等。
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