假如說有天你正在構建實驗室需要的遺傳材料,剛剛完成了一些純化插入片段,PCR產物,和半成品質粒,這時候突然有事需要你去處理,你只好趕緊把這些東西放到-20°C 的冰箱里,但是卻忘了在筆記本上記錄下它們的位置。之后你的同事想要繼續完成這項工作,但他們不知道到哪里去找樣品,你一時半會也回不來,那么怎么辦?
在生物實驗室經常有人說,我們最重要,最寶貴的資產就是冰箱里或者液氮罐里Eppendorf管里保存的東西了,但是在這些容器上要標注出處,用途,來源,時間等大量信息并不容易,而且還要考慮到某些人的瀟(ma)灑(hu)字跡。更別提經年累月后,幾經易手后,令人費解的一連串神秘的字母和數字,如SHC1-1 標識的是什么意思?那是一個質粒,還是引物?全長的還是部分片段?濃度是多少?在這種情況下,研究人員通常別無選擇,只能拋棄這一也許具有重要價值的樣品。
這種情況也許在每個實驗室中不可避免,就算是進行了細致的文檔記錄,但是項目一旦完成,也許就不會再有人記起這些樣品了。The Scientist雜志近期匯總了一下專家的意見,看看他們的實驗室是如何保存樣品的呢?
第一個例子:來自波士頓兒童醫院的George Daley實驗室
George Daley教授是干細胞領域的著名學者,多年來從事多能干細胞維持全能性的分子機制研究,在多能干細胞向造血細胞分化等領域都作出了重要貢獻,其實驗室是最早建立人iPS細胞及病人來源iPS細胞的實驗室之一,Daley教授也曾于2007年擔任國際干細胞學會的主席。
主要問題:
Daley 教授實驗室在同一時期有20-40名實驗室工作人員同時工作,他們都需要用到三臺–80°C 冰箱和兩個液氮罐,這會導致產生大量需要保存的試管,容易丟失或錯位。
解決方案:
經過多年的實驗研究,Daley實驗室出現了無數需要保存的細胞株和試劑。2007年,實驗室管理員Beth Kaleta加入他們實驗室,當時尋找樣品的唯一方法就是在一個留有各種涂鴉,“鬼畫符”的活頁夾上尋找試劑樣品的蹤跡。
為此Kaleta構建了一個Excel 電子表格來追蹤出處,比如說她記錄下A質粒位于冰箱3層、2排、第四個盒子的D2位置,從此之后每一位研究者都這樣保存他們的樣品。“這個編撰目錄并不容易,因為有時樣品并不能與實驗室筆記相匹配,所以我們也在考慮加上條形碼。”
實驗室里的每位博士后都至少有一個液氮罐架子(5個盒子,每個盒子有81個樣品),以及超低溫冰箱中的架子(16個盒子)。在實驗室中,研究人員自己負責自己的材料,但是一旦這位研究人員不在,那么“我們就無法知道他盒子里留下了什么”,Kaleta說。
每當有人離開實驗室,Kaleta就會與另外一位資深研究員,和這個要離開的研究人員進行交接,確保關鍵的試劑和細胞株不會丟失。她表示,關鍵的細胞株會被送到哈佛干細胞研究所核心實驗室中進行擴增和保存,重要的質粒也會被保存,并轉移到
Addgene,這是一個非盈利性質的生物試劑存儲庫和分配庫,目前已有75個Daley 實驗室的質粒可以提供給全球2,000個實驗室使用。
一般來說,Daley 實驗室自己只會保存兩小瓶,“這樣就能騰出許多空間來,”Kaleta說。
從筆記本到電子表格,Kaleta進一步完善了實驗室的保存樣品管理,但是依然還是會出現無法識別的樣品,她說,像之前有位博士后,他設計了多個iPSC細胞系,并用一個只有他自己知道的密碼方法進行命名,現在自己卻忘了。
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