在MEROPS蛋白酶分類系統16個計數超家族（如2013），每個包含許多家庭。每個超家族使用催化三聯體在不同的或成對蛋白質折疊等代表趨同進化的的催化機制。大多數屬于蛋白酶的PA家族（超家族）的S1家族。
對于超家族，P=超家族，包含親核類家族的混合物，S=純絲氨酸蛋白酶。超家族。在每個超家族中，家族由其催化親核試劑指定（S=絲氨酸蛋白酶）。
