急慢性肺膿腫、肺炎、支氣管感染性疾病等由于血－支氣管屏障、組織包裹、膿液的理化性質等因素，常造成全身用藥療效不佳。經支氣管鏡引流及給藥可使局部藥物濃度增高。一般將支氣管鏡插入定向肺段、肺葉支氣管內，先充分吸引痰液，然后用少量生理鹽水沖洗，將沖洗液抽吸干凈后，注入含有敏感、無刺激呼吸道作用的抗生素，如：青霉素、丁胺卡那霉素、頭孢類藥物溶于生理鹽水10ml注入病變內作為保留治療藥物。總灌洗量不宜超過100ml。如病情危重應限制操作時間在15分鐘內，可不進行沖洗。
慢性阻塞性肺疾病（COPD）伴呼吸衰竭的患者或其他危重患者常因粘稠的痰液或血塊阻塞較大氣道，造成段、葉或一側肺不張，此時患者的病情往往急性加重并可危及生命。當采用刺激咳嗽、深呼吸運動、拍背及體位引流等措施后仍無效時，可使用支氣管鏡進行抽吸及灌洗可有效地解除肺不張從而挽救患者的生命。有些患者，如肋骨骨折、血胸、氣胸及手術后等患者，不能用拍背等方法刺激咳嗽，而支氣管鏡成為解除肺不張的唯一有效工具。一般經支氣管鏡吸引及沖洗后，大多數肺不張可得到解除。