中國學者Nature子刊：快速準確識別SNP的方法

　　來自香港大學，深圳華大基因等處的研究人員發表了題為“針對新一代測序數據的一個快速準確識別SNP的方法”的研究論文，介紹了一種快速精確的單核苷酸多態性檢測新方法，尤其適合用于測序深度比較低的情況。相關成果公布在Nature Communications雜志上。

　　文章的通訊作者是香港大學Junwen Wang教授，其主要研究領域為生物信息學，尤其是新一代測序的數據分析，以及基因調控網絡，和蛋白與DNA相互作用方面的數據解析等，他曾榮獲不少獎項，比如he Research Grants Council of Hong Kong，目前其實驗室成員為6名博士，1名博士后，以及幾位研究助理，他也歡迎有志之士加入其實驗室。

　　新一代測序技術為多個研究領域帶來了新的春天，但也留下了浩瀚龐大的數據，有待解析，其中一個主要方面就是SNP分析。盡管絕大多數的人類遺傳信息在所有人中都相同，但是研究人員通常更感興趣的是研究個體之間微小的遺傳差異。這種差異包括單堿基變異，以及被稱為結構變異的各種較大片段DNA序列變異。結構變異包括DNA片段的插入、缺失、倒位和易位，結構變異的DNA片段范圍可從幾個堿基對到數百萬個堿基對，可能對基因產生重要影響，并導致人類疾病的發生。

　　全基因組SNP分析是解析全基因組范圍內遺傳變異與性狀關系的核心技術手段，目前已成為生命科學領域大規模應用基因組信息進行重要性狀遺傳解析的研發熱點。目前已有的相關技術大多依賴于已知基因組信息和芯片技術，但是如果要得到令人滿意的結果，這些方法大部分還是需要昂貴的深度測序，以獲得準確的數據。

　　在這篇文章中，研究人員研發出了一種快速精確的，單核苷酸多態性檢測程序，這種程序基于二項分布算法(binomial distribution-based algorithm)，以及一種突變概率。為了驗證這種方法的可靠性，研究人員分析了來自癌癥基因組圖譜項目中，正常和癌癥樣品的新一代測序數據，并且也分析了來自千人基因組項目中的一些匯總數據。

　　同時研究人員將這一方法與其他幾種SNP calling最先進的方法進行了比較，對比了這些方面的優點和缺點，結果證明這一新方法能在四小時內，于標準臺式電腦上完成十倍人類基因組新一代測序數據(30G)的SNP calling，是一種快速精確的單核苷酸多態性的檢測方法，尤其適合用于測序深度比較低的情況。

　　除此之外，近期來自國內海洋大學，以及德州大學奧斯汀分校的研究人員也公布了一種高通量低成本的全基因組SNP篩查與分型新技術。這種技術稱為 2b-RAD，2b-RAD無需預知基因組信息，文庫構建快捷，標簽密度易于調節，成本低廉，將有助于高通量SNP分型技術大規模地實際應用于非模式生物特別是海洋生物的基因組學研究。

　　從2b-RAD這一技術命名上就可以看出其采用的是限制性酶切位點相關DNA標記(Restriction site Associated DNA，RAD)，這種標記測序方法是一種簡化基因組測序技術，首先利用限制性核酸內切酶識別基因組相關位點并進行酶切反應，然后對酶切獲得的Tag序列進行高通量測序。這種方法能夠顯著降低基因組的復雜度，快速、經濟地鑒定出成千上萬個單核苷酸多態性(SNPs)標記。