中度重復序列(moderately repetitive sequence )一般是非編碼序列，有十個到幾百個拷貝，如 rRNA基因和 tRNA 基因等。
這類重復序列的平均長度大約為 300bp ，往往構成序列家族，常以回文序列形式出現在基因組的許多位置上，有些同單一序列間隔排列。大部分中度重復序列與基因表達的調控有關，包括開啟或關閉基因的活性，調控 DNA 復制的起始，促進或終止轉錄等，它們可能是與 DNA復制和轉錄的起始、終止等有關的酶和蛋白質因子的識別位點。
