中心性軟骨肉瘤的治療是手術治療。在初診時，大多數中心性軟骨肉瘤還沒有肺轉移，所以手術切除有相當高的治愈率，并且經常采用保肢治療。
無論中心性軟骨肉瘤的組織學分級如何，刮除術都是不適宜的。病變內切除只適于軟骨瘤與Ⅰ級中心性軟骨肉瘤之間的邊界性病例，有治愈的可能，但這種病變內切除須廣泛，并使用局部輔助劑，如石炭酸、骨水泥和液氮。
中心性軟骨肉瘤的切除緣必須達到廣泛性或根治性切除。邊緣性切除后，腫瘤復發的危險性高，隨組織學惡性度的增加而增加。在多數病例中，使用廣泛性切除可達到保肢目的。
截肢適用于有巨大軟組織腫瘤的中心性軟骨肉瘤，特別是在Ⅲ級中心性軟骨肉瘤和反分化軟骨肉瘤中。
在制定手術方案時，須精確確定腫瘤在骨髓腔內或松質骨內的侵襲范圍，可借助于骨掃描、CT和MRI。
當中心性軟骨肉瘤在切除后于軟組織內復發時，常沒有一定界限（不象一些周圍性軟骨肉瘤中的那樣），一般不能整塊切除，需要行截斷手術。
位于軀干骨的中心性軟骨肉瘤，手術切除非常困難。
中心性軟骨肉瘤是抗放射性腫瘤，放療的療效非常低，甚至緩解疼痛的效果也差。化療的療效同樣不佳，僅在一些反分化軟骨肉瘤中使用。
如肺轉移瘤局限，應行肺轉移瘤切除。