引起中性粒細胞減少的原因很多。分類方法不一，可分為先天性或后天獲得性，也可根據粒細胞生成減少、無效增殖、破壞過多、復合原因及假性粒細胞減少等而分成五大類：
（一）粒細胞生成減少或成熟停滯
1.藥物直接作用在骨髓
常見的有甲氨蝶呤、6—巰基嘌呤、烷化劑如環磷酰胺等。抗生素中以氯霉素導致的粒細胞減少最多見。
2.放射性物質的作用
對脊椎、骨盆和胸骨等部位進行放射治療，可影響骨髓造血功能而致粒細胞減少。
3.遺傳性粒細胞減少癥
又名嬰兒致死性粒細胞減少癥，是一種少見的粒細胞減少癥，為常染色體隱性遺傳。
4.網狀組織發育不全伴有先天性白細胞缺乏癥
本病極罕見。病兒初生后即發病，胸腺、全身淋巴結、扁桃體、腸集合淋巴結皆不發育或發育不良，周圍血中淋巴細胞極度減少，細胞免疫低下，血漿γ球蛋白減低。此癥系由于造血干細胞發育中的缺陷所致。粒細胞增生低下，骨髓中缺乏原始粒細胞，單核細胞也缺如，紅細胞系統和巨核細胞系統正常。常在嬰兒期死于嚴重的細菌或病毒感染。
5.中性粒細胞減少伴有免疫球蛋白異常血癥
約半數患兒有家族史，為性聯遺傳。預后不良，多于生后數年內死亡。
6.家族性良性慢性中性粒細胞減少癥
為常染色體顯性或隱性遺傳，多見于非洲及猶太家族。預后良好。
7.家族性嚴重性粒細胞減少癥
本癥可能為常染色體隱性或顯性遺傳。
8.周期性粒細胞減少癥
本分患兒為常染色體顯性遺傳，多于嬰兒或兒童期發病。發作呈周期性，間隔為15～35天，大多為19～21天。隨著年齡的增長，發作逐漸減輕，有的可于5～10年后恢復正常。約35%～50%的患兒做脾切除后有所改善。
（二）粒細胞無效增生
粒細胞無效增生為骨髓內粒細胞增生活躍，但未至成熟期即大量破壞，如葉酸或維生素B12缺乏所致的巨幼紅細胞貧血，多同時有粒細胞壽命縮短。
（三）粒細胞破壞增加
1.免疫性粒細胞減少癥
（1）新生兒同族免疫性粒細胞減少癥出生后即出現中度或重度粒細胞減少，
持續數周。其發生機制為母親與胎兒粒細胞型不合，在妊娠最后3個月或產程中，具有特異抗原的粒細胞進入母親血循環，刺激母體產生抗胎兒粒細胞的IgG抗體，此抗體進入胎兒血循環，使胎兒中性粒細胞凝集和破壞。
（2）藥物免疫反應性粒細胞減少癥藥物作為一種半抗原，在特異體質患兒體內引起的第Ⅱ型變態反應—細胞溶解反應。氨基比林是這種反應的代表，類似藥物還有保泰松、磺胺類、汞制劑和氯普嗎嗪等。
（3）自身免疫性疾病如結締組織病、傳染性單核細胞增多癥、血管性免疫母細胞淋巴結病、多次輸血后和慢性活動性肝炎等皆可出現粒細胞減少。
（4）免疫缺陷病伴粒細胞減少癥
2.粒細胞壽命縮短
（1）兒童慢性良性中性粒細胞減少癥是一種非家族性、預后較好的粒細胞減少癥，發病年齡多在生后6～20個月，男性多于女性。
（2）感染所致的粒細胞減少癥多種病毒或立克次體感染可發生白細胞或粒細胞減少，例如病毒性肝炎和傳染性單核細胞增多癥，在起病的24～48小時內出現粒細胞減少，大約持續3～5天。其他感染如麻疹、風疹、流行性感冒、脊髓灰質炎、水痘和斑疹傷寒等，也常伴粒細胞減少。一些細菌或原蟲感染如布魯氏菌病、傷寒、瘧疾和黑熱病等都可出現粒細胞減少。
（3）繼發性脾性粒細胞減少癥主要見于肝硬變并發充血性脾腫大、淋巴瘤、黑熱病、瘧疾和高雪氏病等，多有全血細胞減少。
（4）粒細胞被吞噬見于網狀內皮系統惡性增生性疾病，如惡性組織細胞增生癥（惡網）、惡性淋巴瘤等。
（四）多種因素引起的粒細胞減少癥
某些藥物如消炎痛可使骨髓抑制，又可使粒細胞破壞增加。惡性淋巴瘤晚期骨髓轉移引起粒細胞生成減少，又因脾腫大、脾功能亢進使粒細胞破壞過多。
（五）假性粒細胞減少癥
假性粒細胞減少癥為粒細胞分布異常所致，患者周圍血中粒細胞波動范圍較大，變化很快，無原發病亦無反復感染者可統稱為良性粒細胞減少癥，包括家族性、先天性和假性粒細胞減少癥在內。呈間歇發作，粒細胞中度減少，過程良好。當血流速度減慢時，粒細胞易于附著在小血管壁上，致邊緣池中的粒細胞增多。