臨床基因檢驗已覆蓋了腫瘤、遺傳病、血液病、感染性疾病、神經精神性疾病、器官移植、出生缺陷、個體化藥物治療等多個領域[1,2,3,4,5,6,7,8],臨床基因檢驗診斷報告對機體易感性評估、疾病診斷、預后、治療監測、遺傳咨詢、健康管理以及家庭生育計劃制定等均具有重要的參考價值。因此,臨床基因檢驗診斷報告應該明確、簡潔、準確可靠,并具有充分的解釋、可信性和權威性。中國醫師協會檢驗醫師分會分子診斷專家委員會組織相關專家對臨床基因檢驗診斷報告模式進行了研討并達成以下共識。
一、基本要素
1.題目與格式:
臨床基因檢驗診斷報告應具有醒目的題目,明確標示出檢驗的靶標。
2.患者信息:
報告中明確包含患者姓名、性別、出生日期,必要時注明種族、籍貫或地域來源。當家族成員多人同時送檢時,應有足夠信息區分家庭成員身份,需要時包含家族或譜系信息等。對于家系的說明,表格或譜系所提供的信息更適合連鎖分析。
3.臨床信息:
臨床醫師應在申請檢驗時提供簡要的臨床信息,應至少包含疾病的診斷或初步診斷、申請檢驗目的(指需要明確疾病發病狀態或攜帶者狀態等)、家族史或既往史。實驗室人員往往需要結合臨床信息對檢驗結果進行綜合分析,必要時根據檢驗結果提出其他的相關建議。如果未提供任何臨床信息,實驗室人員應主動向臨床咨詢[9]。
4.樣本信息:
每份樣本應當有唯一標識,注明樣本類型、樣本采集時間、樣本接受時間、報告時間、需要時注明樣本狀態(如:已分離的DNA或已裂解白細胞等)。胎兒標本(如羊膜穿刺標本、絨毛膜標本等)應與其母親標本清晰分開,且不可以使用母親姓名。
5.醫師和實驗室信息:
包括申請醫師的姓名、實驗室名稱、實驗室地址和聯系電話。
6.頁碼:
報告單中每頁均應包含頁碼,頁碼采用"當前頁碼/總頁碼"的格式注明,即使報告單僅有1頁,也應當采用此種方式進行標注。報告為多頁時,每頁均應注明患者基本信息和樣本唯一標識(如ID號)[10]。
二、特定要素
1.注明方法學:
報告中應簡單注明所采用的方法學[11],尤其是針對某一檢驗項目具有多種檢驗方法時。這對分子檢驗項目非常重要,因為該患者的家屬可能在其他實驗室進行了檢驗,或者該患者(尤其是陰性結果)會在今后進行隨訪檢驗。
2.注明檢驗程度的詳細信息:
應明確說明所檢驗的基因座位或突變位點,這一點在報告陰性結果時至關重要。
3.分子遺傳檢驗項目:
應提供基因參考序列。
4.質量控制信息[12]:
需要時應注明,如涉及腫瘤病理標本應說明腫瘤細胞的百分比等信息。
三、結果報告
1.結果報告方式:
臨床基因檢驗診斷報告應采用簡潔清晰的報告方式,包含所采用的分析過程及對實驗結果的解釋,使得檢驗結果和所包含的信息能有效地傳達給臨床醫師。應準確客觀地描述所檢驗的結果,避免引起歧義[13,14]。定性試驗不應簡單地報告為"陰性"、"陽性"或"不確定",結果報告中應至少包括檢驗目標,如:"HCV RNA檢驗"、"沙眼衣原體DNA檢驗",陰性結果應描述為"未檢出"、"低于檢驗下限"或"未檢驗到突變"。定量試驗的檢驗結果需提供具體測定數值及參考范圍。基因型或基因變異的檢驗結果需明確描述所檢驗的基因位點或變異位點。必要時,在報告解釋中進行詳細說明。
2.術語規范描述:
檢驗結果中的術語應使用國際權威組織或數據庫發布的最新標準命名,并在報告解釋中注明出處。當某個非正式命名被廣泛使用時,也可包含此名稱,可以用括號將非正式命名放于標準命名的后面;或者將通用的非正式命名放在結果部分,而將標準命名放在報告解釋的方法學部分;或者在報告解釋中單獨加以說明。對于分子遺傳檢驗,參考序列和命名應當使用當前的人類基因組變異協會(HGVS)的標準命名;對于細胞遺傳和微陣列芯片,應當采用最新版本的人類細胞遺傳學國際命名體制(ISCN)的標準命名[2]。
3.注明所采用的數據庫:
需要注意不同的數據庫版本中,基因堿基號碼或者密碼子的號碼可能不同,此時應根據最新的數據庫進行標注[15,16,17,18]。
4.結果報告內容:
不應使用含義模糊的詞匯,不可使用"+"或"-"符號,因為陰性結果容易被非專業人士誤解為"已排除"。如:對于初診白血病患者微小殘留監測分子標志物篩查,如未檢出融合基因和抗原受體基因單克隆重排,應描述為"未篩查到合適的微小殘留監測分子標志物"。如篩查到合適的微小殘留監測指標,應描述為"篩查到xx融合基因和xx抗原受體基因重排(如TCR基因Vδ2-Dδ3重排),可作為微小殘留監測的分子標志物",基因重排分子標志物應進一步注明個體特異性的結合部序列,以供患者轉至其他醫療機構治療和監測時參考。對于誘導緩解治療后及持續治療中的白血病患者進行微小殘留監測時,監測結果以百分比(白血病細胞占單個核細胞的比例)形式報告監測結果。
5.多項檢驗結果報告:
多種可能的病理性變異被檢出時,應對該變異進行說明。多項檢驗的結果應該分開報告。
6.藥物治療相關的報告:
應結合患者的臨床資料以及比較全面的藥物相關基因信息等給予用藥的建議。
7.檢驗結果與其他結果不符時的報告要求:
檢驗結果與其他實驗結果或臨床資料不符時,應進行調查并將資料備案,必要時進行驗證。
8.結果錄入要求:
為避免錯誤,不支持手寫報告,應使用計算機錄入結果。
9.報告中實驗室自建方法信息:
采用實驗室自建方法時應注明"該實驗性能特性由xx實驗室確認,未經過國家食品藥品監督管理總局的批準"[19]。
四、報告解釋
針對實驗結果的解釋,是指將定性或定量的原始實驗數據歸納為結論,參考患者其他臨床相關信息以及家屬相關資料,將實驗結果歸納為一個清晰和全面的解釋[20,21]。
1.連鎖分析:
進行連鎖分析時,分子遺傳疾病的檢驗報告應包含對假陰性和假陽性的評價和原因分析。
2.復雜遺傳疾病的基因檢驗:
涉及多種突變的檢驗報告,應說明突變檢出率以及某些突變未包含在檢驗范圍內可能導致的潛在風險。如:家族性乳腺癌的致病基因變異在分子水平上具有很強的異質性,可能在不同患者或家族中存在多種突變,常規分子檢驗技術很難達到100%的檢出率。
3.陰性結果:
陰性并不能完全排除患者存在基因突變。檢驗報告應當采用醫師可以理解的方式對此進行說明,推薦說明基于該種族的已知人群等位基因頻率所得的殘余風險值。
4.陽性結果:
由于某些遺傳疾病的基因型和表型間的關系較復雜,某種突變位點陽性的報告,可能不能提供該結果所產生臨床影響的信息,而臨床需要根據這些結果做出是否干預決定。因此,對于這種檢驗,報告中應該包含針對實驗結果局限性的討論,以及所檢出的結果的臨床意義,如顯性或隱性遺傳的情況、復發的風險、外顯率、嚴重性和其他基因型和表型間的相關性。對報告的解釋至少要包含相關信息,使醫師能夠利用現有的文獻資源來進行臨床判斷。實驗室應說明目前的解釋只是基于現有的知識,將來可能隨著研究的發展會有所變化。
5.咨詢建議:
適用時報告應包含患者進行咨詢的建議,由專業人士為其解釋檢驗結果的影響、潛在風險和不確定性,由此衍生的對生育或者其他醫學干預措施的選擇。這主要是因為某些分子基因檢驗結果較為復雜,有些結果可能僅僅與疾病發病風險有關,而不具有明確的診斷依據。
6.結果整合分析:
如果同一份標本進行了多個項目檢驗,報告解釋時應對結果進行整合分析,為臨床提供清晰和簡明的解釋。
五、備注說明
備注中應說明檢驗方法的局限性、檢驗靈敏度和特異性[22]。如測序方法并不能檢驗到大的基因缺失和重復等。如果標本的某些特征會影響檢驗結果的質量,應予以說明。例如,腫瘤組織基因突變的檢驗受到腫瘤細胞與正常細胞比例的影響,或組織活檢的結果受到取材部位的影響等。如果分析前的樣本質量不能受到實驗室的保證和確認,報告單中應說明該實驗結果僅針對所接收到的樣本。如果部分檢驗在其他實驗室進行,報告單中應明確說明哪些結果出自哪些實驗室,例如本實驗室經過相關認證/認可,參與檢驗的其他實驗室未經認證/認可,這一點也需要說明。建議參與檢驗的其他實驗室提供原始報告。個別檢驗項目的報告單中可能包含多人結果,如同一家庭的多個成員,此時需注明成員之間的血緣或譜系。建議每個個體分開檢驗,以保證檢驗結果的機密性。應注明報告結果的咨詢方式。
六、報告審核/簽發
最終報告應由具備資質的醫師或者授權簽字人審核后簽發(如:產前篩查報告須經具備產前診斷臨床資質的副高級職稱以上醫務人員審核簽發)。如果采用電子簽名,簽字人的原始簽字可以不出現在報告中,但實驗室必須有適當的管理條例和程序來確保報告在發送前已被審核和認可[23]。
七、報告單保存
腫瘤相關的基因檢驗報告應按相關規定時限保存。遺傳學相關的基因檢驗結果對其親屬也有重要參考價值,建議診斷報告應至少保存20年。報告可以采用電子版格式進行保存。
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