在種子檢驗的過程中，使用種子發芽室來開展種子發芽試驗是一項重要而頻繁的工作，其目的就是要測試種子的發芽特性，為其今后的播種做參考，根據農作物種子檢驗的要求，種子發芽室作為其中會經常用到的試驗設備，做好種子發芽室的消毒工作是非常重要的，尤其是對于準確鑒別種子的發芽率具有非常重要的影響。
一般來說，采用種子發芽室開展種子發芽試驗，種子從芽到幼苗，不同的作物種子在種子發芽室中的時間短則4-5天，長則8-10天，而且通常種子的發芽過程是在高溫高濕的小環境中完成的，因此如果沒有做好種子發芽室的消毒工作，那么就非常容易導致種子感染病菌而霉變或藍牙，因此就造成了種子發芽率測定結果不正確等問題，因此為了避免這種情況，就需要在平時做好種子發芽室的消毒工作。
另外，還有很多的種子發芽室是用于種子育苗，而種子發芽室育苗的其中一個優勢就是可以降低病菌對種子的侵害，提高種子育苗后苗木的抵抗力，而如果種子發芽室的消毒工作做得不到位的話，那么這種優勢就無法發揮出來，因此對于育種工作也會產生不同程度的影響。
而做好種子發芽室的消毒工作的好處非常顯而易見，第一是可以排除外界干擾，提高種子檢驗的準確性，第二是可以減少對各種器皿單獨消毒以及檢驗人員反復復檢的工作量和成本，因此無論是從種子檢驗的效果還是從檢驗成本和工作量的角度考慮，做好種子發芽室的消毒工作都是十分重要的，尤其是經過多年反復使用的種子發芽室，這一點尤其需要注意。