為什么deSALT技術能夠突破長RNAseq讀序列比對瓶頸

　　由于高測序錯誤和復雜的基因結構，長讀RNA測序讀段的比對就顯得非常重要。2019年12月16號，哈爾濱工業大學臧天儀、王亞東團隊在Genome Biology上在線發表了題為deSALT: fast and accurate long transcriptomic read alignment with de Bruijn graph-based index的文章。研究提出了deSALT，這是一種量身定制的兩遍比對方法，該方法構造基于圖的比對骨架以推斷外顯子，并使用它們來生成剪接的參考序列以產生精確的比對。 deSALT解決了一些困難的技術問題，例如小外顯子和測序錯誤，這些問題突破了長RNA-seq讀取序列比對的瓶頸。基準測試表明，deSALT具有產生準確和均一的全長比對的更大能力。

　　RNA測序(RNA-seq)已成為表征轉錄序列的一種基本方法.它揭示了精確的基因結構，并量化了基因/轉錄表達在各種應用中的作用，如變異調用，RNA編輯分析和基因融合檢測。然而，目前廣泛應用的短消息測序技術在圖書館的準備工作中存在著有限的讀取長度和系統的偏差。這些缺點限制了更精確的比對和精確的基因異構體分析，從而成為轉錄研究的瓶頸。

　　兩種長讀測序技術，單分子實時（SMRT）測序和納米孔技術（ONT）產生的納米孔測序，是轉錄分析中短讀瓶頸的新興和有希望的突破。它們都能夠產生更長的讀取，讀取的平均長度和最大長度分別超過10到幾十萬個堿基對（BP）。利用這一優勢，全長轉錄本可以通過單讀進行測序，這對于大大提高基因異構體重建的準確性是有希望的。此外，測序過程中存在較少的系統偏倚，這也有利于基因/轉錄表達的定量。

deSALT方法示意圖

　　除了它們的優點外，PacBio和OT-Read的排序錯誤率也比短讀的高得多。對于PacBio SMRT序列，原始讀段(“子讀段”)的測序錯誤率約為10%~20%；對于ONT納米孔測序，1D和2D(又稱1D2)的測序錯誤率分別約為25%和12%。PacBioSMRT平臺可以通過多次對循環片段進行排序來生成插入讀(ROIS)，從而大大減少測序錯誤。然而，這項技術具有較低的測序產率和減少讀取長度。因此，這些高的測序誤差給RNA-seq數據分析帶來了新的技術挑戰.讀對齊可能是最受影響的，而且這種影響可能不限于讀對齊本身，因為它是許多下游分析的基礎。

　　在這里，研究人員提出了deSALT，這是一種量身定制的兩遍比對方法，該方法構造基于圖的比對骨架以推斷外顯子，并使用它們來生成剪接的參考序列以產生精確的比對。deSALT解決了一些困難的技術問題，例如小外顯子和測序錯誤，這些問題突破了長RNA-seq讀序列比對的瓶頸。基準測試表明，deSALT具有產生準確和均一的全長比對的更大能力。deSALT可在以下網址獲得：https：//github.com/ hitbc / deSALT。