1.主動脈病變
原發性AEF多發生于腹主動脈，常因動脈粥樣硬化性的腹主動脈瘤（腎下型）擴張侵襲直接穿破入腸道。比較罕見的原因是真菌性的、梅毒性的或者外傷性的動脈瘤發生破裂所致。另外原發性主動脈炎、動脈的惡性腫瘤或轉移性腫瘤亦為主動脈腸道瘺主要原因。
2.胃腸道病變
如腸系膜結核、沙門菌（Salmonella）、梅毒和真菌病等并發腸道穿孔時，侵襲腹主動脈壁而發生內瘺。亦有十二指腸憩室炎穿孔、胃十二指腸潰瘍穿孔等侵襲腹主動脈的報道。
3.膽道和胰腺疾病
如膽石癥、壞死性胰腺炎、胰腺癌等膽道系統和胰腺病變也可因侵襲腹主動脈而穿破。
4.主動脈手術
隨著血管外科的廣泛開展，動脈內膜切除、動脈瘤切除術后并發動脈腸道內瘺，已屢見不鮮。并發其原因是多方面的，如切除或血管移植的技術不當，吻合口周圍形成膿腫或者縫線不牢固而發生斷裂，血管吻合處或自體血管移植后繼發假性動脈瘤，或系手術時誤傷十二指腸或十二指腸血供等，均可形成內瘺。據報道此瘺多半發生于動脈瘤破裂的急診切除術后，而擇期手術則較少發生。