Ia抗原主要分布在脾臟、淋巴結的淋巴細胞、巨噬細胞、胚胎肝細胞、表皮細胞、活化內皮細胞、骨髓細胞和精子細胞上，某些腫瘤細胞也具有Ia抗原。而紅細胞、血小板、腦組織、腎臟和成年肝細胞未見有Ia抗原。
無論是Th還是Tc/Ts被激活后一部分細胞表達Ia抗原。此外巨噬細胞、表皮郎罕氏細胞、樹突狀細胞也含有較高比例的Ia抗原，有人認為Ia抗原還與巨噬細胞亞群分類有關。
D抗原分布還缺乏系統資料。但從現有資料中看到，除B淋巴細胞外，T細胞、單核細胞、上皮細胞、內皮細胞和精子細胞也可以誘導淋巴母細胞反應，提示上述細胞存在D抗原，而血小板不存在D抗原。
(3)Ia抗原的功能: Ia抗原最主要的功能是作為Ir基因的產物， 參與免疫應答的遺傳控制及其應答過程中的遺傳限制作用，這將在本章第五節中重點加以討論。此外還有以下的生物學功能:
①與B細胞分化的關系: 分化發育尚未成熟的B細胞以及B細胞型白血病細胞均可檢出Ia抗原，成熟的漿細胞表面不能檢出Ia抗原。
②人類Ia抗原與MLR刺激: 在單向MLR中刺激同種異體T細胞增殖的刺激細胞除B細胞外，其它的Ia陽性細胞如建株B細胞、精子、巨噬細胞、郎罕氏細胞的刺激能力與表面Ia抗原有關,巨噬細胞和郎罕氏細胞較強，精子較弱。抗人Ia樣抗血清或抗Ia樣單克隆抗體對人類MLR均有非常明顯的抑制效應。
③人類Ia樣抗原與免疫輔佐細胞: 只有Ia陽性的單核-巨噬細胞、 表皮郎罕氏細胞和樹突狀細胞具有執行抗原提呈細胞(antigen presenting cell,APC)的輔助免疫應答的功能。最近發現Ia陽性B細胞也是機體重要的抗原提呈細胞。
④人類Ia樣與T淋巴細胞: T細胞經活化后(包括PHA、ConA、PWM，可溶性抗原， 同種異體抗原刺激)能合成并在細胞表面表達Ia抗原，其特異性與同一個體Ia抗原相一致。促有絲分裂原激活的Ia陽性T細胞以PWM刺激后比例最高，PHA次之，ConA最低。
⑤Ia抗體與免疫增強: 免疫增強(immunological enhancement) 主要是由Ia抗體介導的一種特異性免疫抑制作用。 有人認為移植前輸血所引起移植物存活延長現象是由B細胞導致的主動免疫增強現象。免疫增強的機制還不十分明了，可能與Ia抗體與Ia抗原結合后，阻止了供體Ia抗原對Th的刺激作用，從而阻斷移植排斥免疫應答的致敏過程；另一可能是Ia抗體的抗原結合位置可刺激受者產生抗獨特型抗體， 這種抗獨特型抗體可與Th細胞上Ia 抗原識別受體相結合，從而阻止了Th細胞對Ia抗原的識別，阻斷移植后排斥反應的產生。