本世紀初即已發現，在不同種屬或同種不同系的動物個體間進行正常組織或腫瘤移植會出現排斥，它是供者與受者組織不相容的反映。其后證明，排斥反應本質上是一種免疫反應，它是由組織表面的同種異型抗原誘導的。這種代表個體特異性的同種抗原稱為組織相容性抗原（histocompatibility antigen）或移植抗原（transplantation antigen）。機體內與排斥反應有關的抗原系統多達20種以上，其中能引起強而迅速排斥反應者稱為主要組織相容性抗原，其編碼基因是一組緊密連鎖的基因群，稱為主要組織相容性復合體（major histocompatibility complex,MHC）。
現已證明，控制機體免疫應答能力與調節功能的基因（immune response gene,Ir gene ）也存在于MHC內。因此，MHC不僅與移植排斥反應有關，也廣泛參與免疫應答的誘導與調節。不同種屬的哺乳類動物其MHC及編碼的抗原系統有不同的命名，小鼠的主要組織相容性抗原系統稱為H-2系統，人的則稱為人白細胞抗原系統（human leucocyte antigen,HLA）。
但它們的組成結構、分布和功能等卻很相似。小鼠由于具有繁殖快、易于飼養等特點成為進行MHC研究的最重要動物。迄今對人類MHC的認識在很大程度上也來自對小鼠MHC即H-2復合體的研究。