乙二胺四乙酸與其鹽與強氧化劑、強堿和高價金屬離子如銅、鎳和銅合金配伍禁忌。
乙二胺四乙酸或其二鈉鹽顯弱酸性，能與碳酸鹽反應放出二氧化碳和與金屬反應生成氫氣。
其它配伍禁忌，如乙二胺四乙酸和乙二胺四乙酸二鈉與鋅的螯合可使胰島素失效；用乙二胺四乙酸二鈉作為穩定劑的葡萄糖酸鈣注射劑與腸道外營養液混合時，腸道外營養液中的微量金屬將被螯合；在輸液中乙二胺四乙酸二鈉與兩性霉素和鹽酸肼苯噠嗪有配伍禁忌。
