1.PCR產物直接測序：是將HBV基因組的逆轉錄酶區進行擴增后直接進行測序分析的方法。PCR產物直接測序法可檢測已知和可能的未知耐藥變異位點，是最常用的基因型耐藥檢測方法之一。PCR產物直接測序的方法一般作為基因型耐藥檢測的金標準。該方法的缺點是靈敏性較差，只有當變異株超過HBV準種池的20%時才能被發現。
2.聚合酶鏈反應-限制性片段長度多態性(PCR-RFLP)：該方法具有較強的靈敏性，可檢測數量占HBV準種池5%的耐藥變異株。但是PCR-RFLP只能檢測已知、單一位點的變異，對于少數耐藥變異位點監測不失為一種簡便、快速且廉價的方法。但隨著多種核苷（酸）類似物的相繼問世和HBV耐藥變異位點的不斷出現，該方法將難以勝任多位點變異的檢測。
3.反向雜交法：基于該技術的INNO-LiPA方法在國外已獲準應用于臨床檢測，目前INNO-LiPA HBV DR v3 可檢測包括拉米夫定(LAM)、替比夫定(LdT)、恩替卡韋(ETV)與阿德福韋酯(ADV)常見耐藥位點。該法可檢測變異株占HBV準種池5% ~ 10%的樣品，故敏感性較好，但其同樣只能檢測已知位點變異。
4.實時熒光PCR：該方法操作簡便，可檢測變異發生率低于10%的耐藥變異。僅能檢測已知位點。
5.基因芯片：亦稱DNA芯片、DNA微陣列，可檢測已知變異位點。
6.限制性片段質譜多態性技術：該技術是將PCR-RFLP技術與基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜技術結合，靈敏度高，能夠發現數量不足HBV準種池1%的變異株，但其同樣僅能檢測已知位點變異，且價格昂貴，很難在臨床推廣應用。