雖然這兩個同功酶（ALDH1和ALDH2）不共享一個共同的亞基，ALDH1和ALDH2人類蛋白質之間的同源性，是在編碼的核苷酸水平的66%和69%，在氨基酸水平，這是發現低于人ALDH1和馬ALDH1的91%的同源性。這樣的結果是一致的證據暗示的早期進化之間的分歧胞漿及線粒體同工酶，如豬線粒體和細胞質的天門冬氨酸轉氨酶在50%的同源性。
