乙醛酸循環和三羧酸循環中存在著某些相同的酶類和中間產物。但是，它們是兩條不同的代謝途徑。乙醛酸循環是在乙醛酸循環體中進行的，是與脂肪轉化為糖密切相關的反應過程。而三羧酸循環是在線粒體中完成的，是與糖的徹底氧化脫羧密切相關的反應過程。
油料植物種子發芽時把脂肪轉化為碳水化合物是通過乙醛酸循環來實現的。這個過程依賴于線粒體、乙醛酸循環體及細胞質的協同作用。
