乳糖不耐受癥的治療與其臨床類型密切相關，先天性乳糖酶缺乏的嬰幼兒進食含乳糖食物時應同時補充適量的乳糖酶，繼發性乳糖不耐受首先要治療原發病和做好營養管理，對于先天性和繼發性乳糖不耐受導致的難治性腹瀉或營養不良，應及時糾正水、電解質紊亂，避免濫用抗生素，同時保持原有飲食，保證人體攝入足夠的能量。
少量多次攝入乳制品。即使乳糖酶缺乏個體，也可耐受少量乳類(120ml至240ml)，不會出現不耐受癥狀。限制一天中攝入乳糖總量，一般乳糖限量為12克。少量多次食用也可減輕乳糖不耐受反應，一次食用量不超過250ml為宜。只要每次飲牛奶時能掌握合理的間隔時間和每日攝入總奶量，就可避免出現乳糖不耐受癥狀。請注意，嬰幼牛奶過敏患者請選擇羊奶或其他奶制品。
通過外援補充乳糖酶的方式，可有效解決乳糖不耐受。
治療方法
膳食乳糖剔除療法
減少乳糖的攝入可以有效緩解乳糖不耐受，目前國內市售的無乳糖奶粉或牛奶均不含乳糖，可以作為嬰幼兒繼發性乳糖不耐受的階段性替代飲食，但由于其熱量偏低且影響鈣、鐵、維生素等的吸收，療程不宜超過2周。對于2歲以上幼兒酸奶也是一種替代方式，酸奶中的益生菌顯示內在的乳糖酶活性，酸奶中大部分乳糖已被水解成半乳糖和葡萄糖，可以避免發生乳糖不耐受癥狀；但國內大部分乳兒對酸奶的接受程度并不理想，限制了其作為乳兒飲食替代的應用。無乳糖奶粉是嬰幼兒乳糖不耐受的良好輔助治療方法，但其改變了患兒原有飲食結構，常導致患兒依從性差，食欲下降。同時由于乳糖攝入減少，不利于嬰幼兒的正常生長發育，尤其是腦發育。