治療法
乳糖不耐受癥的治療目標是消除癥狀，同時避免營養缺乏。
對于原發性乳糖酶缺乏，提倡減少乳糖攝入（并非嚴格禁止）；
對于先天性乳糖酶缺乏則應終身禁食乳糖；
對于繼發性乳糖不耐受首要的治療是針對原發病的醫治。
急性期治療法
在急性腹瀉期要注意維持水、電解質平衡。
若未斷奶幼兒出現脫水現象，可采用無乳糖奶粉喂養緩解腹瀉癥狀，促進腸道功能恢復，但喂養時間一般不超過2周，長期采用可導致各種營養元素的缺乏。
已斷奶幼兒、兒童以及成年人則注意靜脈補充水、鹽、電解質，避免休克。
一般期治療法
與食物過敏所提倡的嚴格避免過敏原攝入不同，乳糖不耐受存在劑量依賴性，因此減少乳糖攝入即可，無需完全避免攝入膳食乳糖。
可以依據臨床癥狀輕重采用無乳糖或低乳糖牛奶（奶粉） ，目前市售無乳糖奶粉或水解蛋白牛奶均不含乳糖，系優質牛乳蛋白配方，能確保蛋白質的足量供應和良好利用，而且有天然奶味，含有嬰兒正常所需的全部礦物質和維生素，但價格昂貴；也可使用大豆奶粉或米、面制品，但因營養成分不足不宜久用。
原發性乳糖不耐受患兒臨床癥狀與進食乳糖的量密切相關，因而可以采用少量多次攝入乳制品，以增強腸道對乳糖的耐受性，還可選用發酵乳（酸奶）、避免空腹飲食等，以減輕乳糖不耐受癥狀。