注意該病與乳腺導管內乳頭狀癌及乳腺導管擴張綜合征相鑒別。
導管擴張綜合征：常伴有先天性乳頭凹陷，溢液多為雙側多孔，性狀可呈水樣、乳汁樣、漿液樣、膿血性或血性；乳頭狀瘤與導管擴張綜合征的腫塊期均可見到乳暈下腫塊，但后者的腫塊常較前者為大，且腫塊形狀不規則，質地硬韌，可與皮膚粘連，常發生紅腫疼痛，后期可發生潰破而流膿。
乳頭狀癌：溢液以血性者為多見，且多為單側單孔。乳頭狀瘤的腫塊多位于乳暈區，質地較軟，腫塊一般不大于1cm，同側腋窩淋巴結無腫大；而乳頭狀癌的腫塊多位于乳暈區以外，質地硬，表面不光滑，活動度差，易與皮膚粘連，腫塊一般大于1cm，同側腋窩可見腫大的淋巴結。