乳酸桿菌在食品、飲料、飼料和醫藥等多個領域獲得廣泛的應用。
主要用于乳酸飲料、發酵乳、乙醇等。也用于某些維生素、氨基酸的微量測定。乳酸菌株還可用于真空包裝的肉類。由消化乳桿菌菌株制成的高濃度冷凍干粉，能有效防腐。在肉制品中加入106-107個/克，即可抑制適冷菌絲，在9周內可保持不變，但不耐熱。歐盟各國已準予使用。
乳酸桿菌粉劑
乳酸桿菌功能食品主要包括活性菌微生態制劑和發酵食品。乳酸桿菌經擴后濃縮分離得到菌體，經添加保護劑，冷凍干燥制成，可制成膠囊或片劑。但的產品形式是與雙歧桿菌活性粉劑混合制成多菌型微生態制劑。乳酸桿菌發酵括含活菌的發酵食品及發酵后經滅菌處理得以長期保存的食品。乳酸桿菌很少采用單菌發酵，常與乳酸鏈球菌、嗜熱鏈球菌、嗜酸酵母菌及雙歧桿菌混合發酵。