在二次離子的常規檢測中，可以用于分析的樣品可以固體，也可以是粉末、纖維、塊狀、片狀、甚至液體（微流控裝置）。如果從導電性考慮，這些樣品可以是導電性好的材料，也可以是絕緣體或者半導體。從化學組成上來分，可以是有機樣品，如高分子材料、生物分子，也可以是無機樣品，如鋼鐵、玻璃、礦石等。
