云序RNA修飾技術在華南農大余義勛課題組植物m1A修飾調控機制的運用
導讀
RNA甲基化修飾在調控生物生長發育的過程中起重要作用，m6A和m5C在植物體內的產生機制和生物學功能已有較多研究論文發表，然而RNA m1A（N1-甲基腺嘌呤）修飾在植物中的研究還非常少。
近日，Plant Physiology 在線發表了華南農業大學余義勛課題組題為“The N1-methyladenosine methylome of petunia messenger RNA” 的研究論文。研究結果顯示RNA m1A修飾在植物生長發育中起著重要作用。
矮牽牛RNA m1A修飾促進生長發育
發表期刊：Plant Physiology
影響因子：6.305
發表時間：2020.05.27
實驗方法: m1A-seq, RNA-seq（云序提供）
此研究由云序生物合作客戶華南農業大學余義勛課題組完成的，該課題組利用m1A-seq & RNA-seq（本實驗云序提供）技術對矮牽牛花瓣中含m1A修飾的RNA進行全轉錄組分析，發現乙烯處理降低了花瓣mRNA
m1A峰的水平。另外還發現矮牽牛tRNA特異性甲基轉移酶61A
(PhTRMT61A)的沉默降低了體內和體外mRNA的m1A水平，定位于細胞核內的PhTRMT61A被抑制會導致葉片發育異常。這些研究結果顯示RNA
m1A修飾可以作為表觀轉錄組調控機制并在植物生長發育中起著重要作用。
矮牽牛m1A峰的motif序列和結構特征
云序生物熱門RNA修飾—m5C甲基化
1、NSUN2轉移酶調控HEK293細胞mRNA m5C修飾
發表期刊：Epigenomics
影響因子：4.404
發表日期：2019.02.01
實驗方法：m5C-Seq，RNA-seq（云序提供）
云序客戶揚州大學單位在Epigenomics 雜志利用CRISP/Cas9技術構建NSUN2-/-HEK293細胞系，并利用m5C-Seq和RNA-seq（本實驗云序提供）檢測mRNA中m5C的修飾水平和基因表達水平。該研究一共檢測到1185個修飾和790個表達發生改變的基因。進一步生信分析揭示：發生m5C甲基化修飾能夠調節基因表達，并且這些差異表達基因能夠顯著富集到與細胞增殖相關的信號通路上。同時作者還發現，下調NSUN2能夠顯著抑制HEK293細胞的增殖和遷移，其中GRB2和CD44可能是NSUN2調節細胞增殖的關鍵調節因子。該研究闡述了NSUN2調控HEK293細胞增殖和遷移等生物學功能的分子機制，并揭示了m5C甲基化轉移酶NSUN2對RNA修飾和表達的調控機理。
NSUN2對mRNA的表達水平的影響
云序生物熱門RNA修飾—m6A甲基化
1. m6A 甲基化參與非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的發生發展
發表期刊：Hepatology
影響因子：14.971
發表日期：2020.03.09
實驗方法：m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-PCR，RIP等（云序提供）
Hepatology雜志(IF=14.971)于2020年3月9日在線發表一重要發現：RNA甲基化參與非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的發生發展。該論文的第一作者為復旦大學附屬中山醫院內分泌科周冰博士，主要研究內容由周冰博士在中山醫院內分泌團隊及華東師范大學馬欣然組的共同指導下完成。在本研究中，作者發現m6A
RNA修飾在肥胖相關NAFLD進展中的作用，通過m6A-seq和RNA-seq（本實驗云序提供），發現在瘦素受體缺陷型小鼠的肝臟組織中，甘油三酯合成相關基因的m6A修飾和mRNA表達均明顯增加,
而m6A閱讀器蛋白YTHDC2的表達明顯下調。抑制正常小鼠肝臟中YTHDC2表達后，導致甘油三酯（TG）的沉積；而在肥胖小鼠肝臟中過表達YTHDC2基因后，則改善了肝臟甘油三酯沉積和胰島素抵抗。因此，本研究表明以m6A為代表的RNA新型修飾，在NAFLD相關肝臟疾病中發揮重要作用，從而為這類疾病的研究提供了新的方向。
m6A - seq和RNA- seq聯合分析鎖定靶分子