2. m6A甲基轉移酶METTL3的泛素化調節其功能
發表期刊：Nucleic Acids Research
影響因子：11.147
發表日期：2018.06.01
實驗方法： m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-PCR，RIP等（云序提供）
上海交通大學醫學院余健秀組在著名期刊《核酸研究》發表了m6A修飾酶蛋白催化修飾相關研究，首次揭示SUMO（泛素化）化修飾調控m6A
RNA甲基化酶METTL3
及其催化功能的一種全新分子機制。此次余健秀課題組鑒定了METTL3的SUMO化修飾及其調控功能。他們發現，在細胞中敲低SUMO特異性蛋白酶SENP1可明顯降低細胞內RNA的m6A修飾水平。這一修飾并未影響該蛋白的穩定性及其在細胞中的定位，也未改變該蛋白和METTL14及WTAP之間的相互作用。通過體內及體外實驗，他們發現METTL3的SUMO化修飾可顯著抑制其m6A甲基化轉移酶的活性、促進特異癌細胞的克隆形成及腫瘤生成。穩定敲除METTL3后，結合m6A-seq和RNA-seq（本實驗云序提供），m6A RNA甲基化修飾圖譜及下游mRNA表達圖譜均發生顯著改變。這項研究表明m6A RNA甲基化修飾催化酶存在蛋白質修飾，這也為RNA修飾調控機制探討提供更多的方向。
METTL3 SUMO化對mRNA m6A修飾水平和表達水平的影響
3. m6A調控胃癌細胞EMT過程
發表期刊：Molecular Cancer
影響因子：10.679
發表日期: 2019.10.13
實驗方法：m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-qPCR，Co-IP（云序提供）
上海交大附屬仁濟醫院胃腸外科趙剛課題組在Molecular Cancer雜志（影響因子=10.679）發表胃癌細胞的上皮細胞間充質轉化（EMT）過程揭示RNA m6A修飾的調控意義。同樣本文利用m6A-seq和RNA-seq（本實驗云序提供）技術檢測到METTL3敲低后發生差異甲基化和差異表達的基因，并通過聯合分析850個甲基化水平下調的甲基化基因和798個下調的靶基因確定ZMYM1作為下游靶標，靶分子上兩個甲基化修飾位點都存在于終止密碼子附近，并通過MeRIP-qPCR（云序可提供此服務）證實了靶分子ZMYM1存在m6A甲基化位點。研究還發現METTL3對ZMYM1的影響是通過m6A修飾從而結合HuR蛋白來進行的，而且免疫共沉淀Co-IP實驗（云序可提供此服務）證實了ZYMY1與CtBP/LSD1/CoREST復合物結合的存在形式，而這種復合物的存在可以有效的靶向抑制E-cadherin的轉錄。直接對ZMYM1的過表達或者敲除實驗也證明ZMYM1能夠改變胃癌細胞的遷移與侵襲行為，這些結果顯示METTL3正是通過調控m6A影響HuR蛋白結合的方式來改變METTL3的表達量，進而促進胃癌細胞的EMT過程。
差異甲基化和差異表達RNA的聯合分析
4. m6A修飾促進肝母細胞癌的發生發展
發表期刊：Molecular Cancer
影響因子：10.679
發表日期：2019.12.23
實驗方法：m6A-seq、mRNA-seq、MeRIP-PCR、整體m6A修飾水平等（云序提供）
云序客戶上海市第十人民醫院&上海兒童醫學中心關于m6A在肝母細胞癌中的分子機制研究發表在Molecular Cancer雜志（影響因子=10.679）上，在本研究中作者通過對肝母細胞癌（HB）組織和癌旁組織進行m6A-seq和RNA-seq（本實驗云序提供），發現m6A主要富集在終止密碼子和CDS區，且鎖定發生m6A修飾的靶分子mRNA主要富集在Wnt /β-catenin通路，該信號通路中CTNNB1的m6A豐度是最顯著的，而且MeRIP-PCR（云序可提供此項服務）結果顯示，下調METTL3后m6A修飾水平降低會導致CTNNB1表達和穩定性下降。本篇文章表明 mRNA發生m6A修飾是HB的一種致癌機制，并鑒定CTNNB1是HB中METTL3介導的m6A修飾的靶點基因，為HB的診斷治療提供了新的方法。
m6A調控CTNNB1的活化