發病機理
口腔局部手術、流產、分娩或泌尿道手術，心臟手術或呼吸道感染，細菌均可進入血流，由于機體防御機制，多不產生危害。但當細菌附著在已有病損的心瓣膜或心內膜時，則局部有血小板，纖維蛋白的沉積，包繞細菌，形成贅生物，吞噬細胞對細菌難以發揮吞噬作用，當贅生物破裂、脫落、細菌多次釋放入血流，形成反復慢性菌血癥過程。
感染性心內膜炎有一定的好發部位，多發生于血流沖擊或局部產生渦流的部位，如二尖瓣關閉不全的心房面，主動脈瓣關閉不全的心室面，室間隔缺損的右心室面動脈導管未閉的肺動脈內膜面等。
亞急性感染性心內膜炎系慢性病程，贅生物上的細菌難以消滅，能長期生存，由于細菌毒力低，較少發生遷移性感染。
病理
基本病理變化有病損的心瓣膜或心內膜上有贅生物形成，贅生物由纖維蛋白，血小板及白細胞聚集而成，細菌隱藏于其中，該處缺乏毛細血管，較少吞噬細胞浸潤，因而藥物難以達到深部，且細菌難以被吞噬，此為細菌得以長期存在的原因。
贅生物所附著的瓣膜有炎性反應及灶性壞死，其周邊有淋巴細胞，纖維細胞及巨細胞浸潤。壞死細胞周圍有新生毛細血管，結締組織及肉芽組織，當炎癥消退，贅生物纖維化，表面為內皮細胞所覆蓋，經治療痊愈的病例，三個月才能完全愈合，未治愈的病例，愈合與炎癥反應交叉存在。贅生物大而易碎，脫落可致臟器及周圍動脈栓塞，如腎、腦、脾、腸系膜及四肢等，先心病并感染性心內膜炎病例，多并發肺栓塞，局部細菌滋長可使瓣葉產生潰瘍或穿孔，腱索及乳頭肌斷裂及細菌性動脈瘤。抗原-抗體復合物在腎血管球沉積，可發生腎血管球性腎炎，由于免疫反應引起小動脈內膜增生，阻塞及小血管周圍炎，表現為皮膚及粘膜的淤點，發生于手指、足趾末端的掌面，稍高于皮面，有壓痛，5-15mm大小，稱奧氏(Osler)結節，后掌及足趾有數毫米大小的紫紅色斑點，稱為Janeway氏結節。