2.環氧乙烷基活化
這類方法活化后的基質都含有環氧乙烷基。如在含有NaBH4的堿性條件下，1，4－丁二醇－雙縮水甘油醚的一個環氧乙烷基可以與羥基反應，而將另一個環氧乙烷基結合在基質上。另外也可以用環氧氯丙烷活化，將環氧乙烷基結合在基質上。
這種活化方法的優點是活化后不引入電荷基團，而且基質與配體形成的N－C、O－C和S－C鍵都很穩定，所以配體與基質結合緊密，親和吸附劑使用壽命長，而且便于在親和層析中使用較強烈的洗脫手段，另外這種處理方法沒有溴化氰的毒性。它的缺點是用環氧乙基活化的基質在與配體偶聯時需要堿性條件，pH為
9~13，溫度為20~40? C。這樣的條件對于一些比較敏感的配體可能不適用。
上面兩種方法是比較常用的方法，另外還有很多種活化方法如：N－羥基琥珀酰亞胺（NHS）活化、三嗪（triazine）活化、高碘酸鹽（periodate）活化、羰酰二咪唑（carbonyldiimidazole）活化、2,4,6－三氟5－氯吡啶（FCP）活化、乙二酸酰肼（adipic
acid
dihydrazide）活化、二乙烯砜（pinylsulfone）活化等，總之，目前對基質的活化方法很多，各有其特點，應根據實際需要選擇適當的活化方法。
聚丙烯酰胺的活化
聚丙烯酰胺凝膠有大量的甲酰胺基，可以通過對甲酰胺基的修飾而對聚丙烯酰胺凝膠進行活化。一般有以下三種方式：氨乙基化作用、肼解作用和堿解作用。另外在偶聯蛋白質配體時也通常用戊二醛活化聚丙烯酰胺凝膠。
多孔玻璃珠的活化
對于多孔玻璃珠等無機凝膠的活化通常采用硅烷化試劑與玻璃反應生成烷基胺－玻璃，在多孔玻璃上引進氨基，再通過這些氨基進一步反應引入活性基團，與適當的配體偶聯。
間隔臂分子
在親和層析中，由于配體結合在基質上，它在與待分離的生物大分子結合時，很大程度上要受到基質和待分離的生物大分子間的空間位阻效應的影響。尤其是當配體較小或待分離的生物大分子較大時，由于直接結合在基質上的小分子配體非常靠近基質，而待分離的生物大分子由于受到基質的空間障礙，使得其與配體結合的部位無法接近配體，影響了待分離的生物大分子與配體的結合，造成吸附量的降低。解決這一問題的方法通常是在配體和基質之間引入適當長度的“間隔臂”，即加入一段有機分子，使基質上的配體離開基質的骨架向外擴展伸長，這樣就可以減少空間位阻效應，大大增加配體對待分離的生物大分子的吸附效率。加入手臂的長度要恰當，太短則效果不明顯；太長則容易造成彎曲，反而降低吸附效率。
引入間隔臂分子常用的方法是將適當長度的氨基化合物NH2 (CH2)n
R共價結合到活化的基質上，R通常是氨基或羧基，n一般為2－12。例如Pharmacia公司生產的AH－Sepharose
4B和CH－Sepharose
4B就是分別將1,6－乙二胺，6－氨基乙酸與CNBr活化的瓊脂糖反應引入間隔臂分子。二者的末端分別為氨基或羧基，通過碳二亞胺的縮合作用可以分別與含羧基或氨基的配體偶聯。
另外也可以通過進一步的活化處理，生成N－羥基琥珀酰亞胺酯、環氧基等活性基團直接與各種配體偶聯。引入間隔臂的基質與配體結合時，配體就可以離開基質一定的空間，從而可以減少空間位阻效應，易于與待分離物質結合。
配體
配體的性質
親和層析是利用配體和待分離物質的親和力而進行分離純化的，所以選擇合適的配體對于親和層析的分離效果是非常重要的。理想的配體應具有以下一些性質：
1.配體與待分離的物質有適當的親和力。親和力太弱，待分離物質不易與配體結合，造成親和層析吸附效率很低。而且吸附洗脫過程中易受非特異性吸附的影響，引起分辨率下降。但如果親和力太強，待分離物質很難與配體分離，這又會造成洗脫的困難。總之，配體和待分離物質的親和力過弱或過強都不利于親和層析的分離。應根據實驗要求盡量選擇與待分離物質具有適當的親和力的配體。