純化生物大分子的配基(ligand)可以選小的有機分子,也可以選天然的生物高分子作理想的配基,它首先必須對欲純化的大分子具有很高的親和力。
另外這些配基必須具備可修飾的基團,而且通過這些基團與載體形成共價鍵。這些共價鍵的形成不致于嚴重地影響配基與欲純化蛋白質的親和力。
用于親和層析的配基有酶的底物、酶的輔助因子以及抗體(或抗原)等。