成人對腦膜炎球菌有較強免疫力，感染后僅1～2%的表現腦膜炎。兒童免疫力較弱，感染后發病率較高。母體內抗體可通過胎盤傳給胎兒，故6個月以內嬰兒患流腦很少。感染后體產生的莢膜多糖抗體、抗外膜蛋白抗體，有特異殺傷腦膜炎球菌的作用，抗脂多糖抗體可能在中和毒性方面有一定意義。
對易感兒童注射純化流腦群特異性多糖菌苗，進行特異預防。流行期間可口服磺胺藥物預防。治療流腦首選磺胺，也可用青霉素、氯霉素或氨芐青霉素。
