（一)相關分析常用參數
在估計某一基因座位與疾病相關時，有幾個常用術語，如相對危險率與歸因危險、于此略予介紹。
a和b分別代表患有某種疾病已檢出和未檢出某種抗原的人數；c和d分別代表正常對照（末患該病)檢出某種抗原和末檢出某種抗原的人數；n為調查總數，表示樣本的大小。然后按X公式計算：
X2=（│a·d-│b·c│-n/2)2·n/(a+c)·(b+d)·(a+b)·(c+d)
根據所得的X2值然后從X2表中求出P值。若P<0.05則認為是差異顯著。
如果抗原與疾病有關，則進一步計算它們關聯的程度。通常用相對危險度（relative risk)RR值來表示，RR值越大表示相關程度越大。
RR=α·d/b·c
另一種RR（relative risk)值計算公式是：
RR=Fp(1-Fc)/Fc(1-Fp)
Fp為病人抗原頻率，Fc為該地區正常對照人群中的抗原頻率RR值表示某一特定HLA抗原和疾病之間的相關強度，即具有該HLA抗原的個體較缺乏這一抗原的個體易產生這種疾病的可能性。
RR=1時，無區別
RR>4時，相關較為肯定
RR<1時，表明有抵抗基因，是一種保護而不是易感
2.歸因危險 另一個公式稱歸因危險（attributable risk)，又叫病因系數（etiologic factor),表示群體中病人組中有百分之多少歸因于HLA：
歸因危險=B（R-1)/[B（R-1)+1]
B為患者人群的百分率；R為相對危險率。如強直性脊椎炎的歸因危險為0.89即患該病人群中有89%是與HLA-B27抗原相關。