人類白細胞抗原是診斷強直性脊柱炎的重要參考指標之一，在強直性脊柱炎的患者中，人類白細胞抗原的陽性率可以高達90%以上，但是，也有的強直性脊柱炎患者檢查這項指標是陰性，所以這項指標的陽性并不代表一定就是強直性脊柱炎。
在正常人群中也有少部分人會出現這項指標的陽性，而在這些人群中只有10%-20%的人，最終發展成強直性脊柱炎，還有一些其它類型的疾病，比如銀屑病關節炎也可能會出現這項指標的陽性。人類白細胞抗原的陽性率和家族遺傳有關，比如父母雙方有一方檢查這項指標是陽性，他們的子女出現陽性的幾率會遠高于其他人群。但是如果在查體中發現這項指標的陽性，同時還有身體的不適癥狀，比如腰骶部疼痛，晨起時或久坐后有明顯的腰骶部疼痛，或休息痛癥狀，則需要進一步完善相關檢查，例如檢查血沉、C-反應蛋白、骶髂關節的影像學檢查來明確診斷。