常規 PCR 是擴增兩引物之間的 DNA 片段,反向 PCR(reverse PCR)是用引物來擴增兩引物以外的 DNA 片段。
一般先用限制性內切酶酶解 DNA(目的基因中不存在該酶的酶切位點,且片段應短于2～3kb),然后用連接酶使帶有黏性末端的靶片段自身環化,最后用一對反向引物進行 PCR,得到的線性 DNA 將含有兩引物外側的未知序列。該技術可對未知序列擴增后進行分析,如探索鄰接已知 DNA 片段的序列。
反向 PCR 已成功地用于僅知部分序列的全長 cDNA 克隆,Picter 中曾用此法擴增基因文庫的插入 DNA。