無機輔助因子主要是指各種金屬離子，尤其是各種二價金屬離子。
（1）鎂離子 鎂離子是多種酶的輔助因子，在酶的催化中起重要作用。例如，各種激酶、檸檬酸裂合酶、異檸檬酸脫氫酶、堿性磷酸酶、酸性磷酸酶、各種自我剪接的核酸類酶等都需要鎂離子作為輔助因子。
（2）鋅離子 鋅離子是各種金屬蛋白酶，如木瓜蛋白酶、菠蘿蛋白酶、中性蛋白酶等的輔助因子，也是銅鋅-超氧化物歧化酶（Cu，Zn-SOD）、碳酸酐酶、羧肽酶、醇脫氫酶、膠原酶等的輔助因子。
（3）鐵離子 鐵離子與卟啉環結合成鐵卟啉，是過氧化物酶、過氧化氫酶、色氨酸雙加氧酶、細胞色素B等的輔助因子。鐵離子也是鐵-超氧化物歧化酶（Fe-SOD）、固氮酶、黃嘌呤氧化酶、琥珀酸脫氫酶、脯氨酸羧化酶的輔助因子。
（4）銅離子 銅離子是銅鋅-超氧化物歧化酶、抗壞血酸氧化酶、細胞色素氧化酶、賴氨酸氧化酶、酪氨酸酶等的輔助因子。
（5）錳離子 錳離子是錳-超氧化物歧化酶（Mn－SOD）、丙酮酸羧化酶、精氨酸酶等的輔助因子。
（6）鈣離子 鈣離子是α-淀粉酶、脂肪酶、胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶等的輔助因子。