利用菌落作為模板進行PCR擴增,驗證該菌落里是否帶有目標片段。但是由于PCR是一個級聯放大的過程,所以即使菌落中不含有目標片段,而是菌落表面沾有一部分之前連接,轉化中用的目標DNA,也會導致PCR獲得擴增條帶,從而誤認為這個菌落已經帶有了目標片段,稱之為假陽性。可以通過提質粒酶切,或者測序驗證,排除假陽性的可能。