金屬蛋白酶，是任何蛋白酶的酶，其催化機制包括金屬。這方面的一個例子是ADAM12，它在胚胎發育過程中的肌肉細胞融合中發揮重要作用，這一過程稱為肌生成。
大多數金屬蛋白酶需要鋅，但有些使用鈷。金屬離子通過三個配體與蛋白質配位。配位金屬離子的配體可隨組氨酸、谷氨酸、天冬氨酸、賴氨酸和精氨酸而變化。第四個配位位置由不穩定的水分子占據。
用螯合劑如EDTA處理會導致完全失活。EDTA是一種金屬螯合劑，可去除對活性至關重要的鋅。它們也被螯合劑鄰菲咯啉抑制。
