先天性感染是由于 CMV 經胎盤垂直傳播。孕婦初次或者繼發感染都可能垂直傳播給胎兒。初次感染后，妊娠期宮內垂直傳播的概率為 30%-40%，而復發感染后這種概率僅為 1%。
但是 2009 年美國 CDC 發表的關于胎兒先天性缺陷的統計分析結果顯示，妊娠期復發 CMV 感染率為 75%，CMV 感染導致的先天性缺陷占第 1 位。
其中妊娠期復發 CMV 感染占主要因素，對孕前感染率高達 95% 的中國孕婦更是如此。10%-15% 的先天性感染的嬰兒會在出生時出現癥狀，包括宮內生長遲緩、小頭畸形、肝脾腫大、淤斑、黃疸、脈絡膜視網膜炎、血小板減少癥和貧血。
這些嬰兒中 20%-30% 會死亡，這主要是由于彌漫性血管內凝血、肝功異常或細菌重復感染。大多數先天性 CMV 感染的嬰兒（85%-90%）在出生時不會出現癥狀或體征，但這些嬰兒中 5%-15% 會出現后遺癥，如感音神經性聽覺喪失、精神運動發育遲緩和視覺障礙。