限制性片段長度多態性(restriction fragment length polymorphism,RF LP )簡稱PCR-RFLP 分析。
它主要是設計適當的擴增引物，使擴增片段包括一個或數個多態性的限制性內切酶識別序列，在PCR 擴增后用該限制酶切割PCR 產物，根據電泳后酶切(Amp-FLP) 對VNTR.STR 等重復序列，因重復單位數目的不同而呈現高度多態。
因此利用重復序列兩側的特異性引物進行PCR 擴增，所得擴增片段具有高度多態性，這些不同長度的等位片段可用PAGE 分離。
應用程序
基因組中 RFLP 變異的分析以前是基因組作圖和遺傳疾病分析的重要工具。如果研究人員最初試圖確定特定疾病基因的染色體位置，他們將分析受該疾病影響的家庭成員的 DNA，并尋找與該疾病具有相似遺傳模式的 RFLP 等位基因（參見遺傳連鎖）。
一旦定位了疾病基因，對其他家庭的 RFLP 分析就可以揭示誰有患病風險，或者誰可能是突變基因的攜帶者。RFLP 測試用于通過分析基因組中的獨特模式來識別和區分生物。它還用于鑒定限制性位點之間基因座中的重組率。
RFLP 分析也是早期遺傳指紋識別方法的基礎，可用于鑒定從犯罪現場提取的樣本、確定親子關系以及表征動物種群的遺傳多樣性或繁殖模式。