蛋白質經單向電泳后分離后被轉移到硝酸纖維濾膜上，然后用放射性或酶標記的特異抗體來檢測相應抗原的存在。
蛋白質印跡技術是1975年Southern建立了Southern印跡法后，人們用類似的方法對蛋白質進行印跡分析，稱為Western印跡法。
Western印跡法是將獲得的蛋白質樣品通過SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳，對不同分子量的蛋白質進行分離，然后通過轉移電泳將凝膠上分離到的蛋白質轉印到固相支持物上。固相支持物包括NC（硝酸纖維素）膜、尼龍膜及PVDF（聚偏氟乙烯）膜等。通常使用的PVDF膜的規格是0.45 μm，如果靶蛋白的分子量小于10KD，則選用0.22μm的PVDF膜。轉膜的的方式有濕轉和半干轉。用抗靶蛋白的非標記抗體（一抗）與膜進行雜交，使抗體與靶蛋白特異性結合后，再與經辣根過氧化物標記的二抗結合，最后用ECL試劑反應，經X線片曝光、顯影等一系列反應，達到檢測靶蛋白的目的。